Kościół jest dwunawową niewielką świątynią. Ma 28 metrów długości, 10 metrów szerokości oraz 12 metrów wysokości. Wyposażenie kościoła stanowią ambona i ołtarz z II połowy XVIII wieku. Ołtarz zdobił obraz Chrystusa z 1853 roku, dzieło malarza gdańskiego Louisa Sy; obecnie znajduje się w kurii metropolitalnej. W posadzce zobaczyć można 6 płyt nagrobnych, w tym 4 – z herbami. Wschodni szczyt budowli zdobi rokokowykartusz z czasów opataJacka Józefa Rybińskiego (1740–1782).
Przy al. Grunwaldzkiej 517 w Oliwie stoi kapliczka św. Jana Nepomucena z XVIII wieku. Jest ona świadectwem pielgrzymek organizowanych przez Bractwo Drogi Krzyżowej, powołane w 1766 roku przez papieżaKlemensa XIII. Po drodze z kościoła Reformatów w Gdańsku Chełmie do Kalwarii Wejherowskiej było 14 stacji. Zachowana do dziś kapliczka z figurami Matki Boskiej i św. Jana Nepomucena, zwana przez dawnych mieszkańców Oliwy „Kolumną Maryjną”, świadczy o religijności w tamtych czasach.
Rys historyczny
około początku XIV wieku – obok klasztoru cysterskiego powstał murowany, na miejscu wcześniejszego drewnianego, trójnawowy kościół parafialny pw. św. Jakuba dla mieszkańców najbliższych wsi, będących własnością opactwa cystersów oliwskich
18 lutego1577 – kościół został zburzony przez gdańskich żołnierzy
1709 – kościół zwieńczyła wieża o wysokości 24 metrów
1833 – po kasacie klasztoru cysterskiego w Oliwie (1831) kościół klasztorny został przekazany katolikom jako parafialny, a kościół św. Jakuba – przyznany ewangelikom
1946 – kościół św. Jakuba przekazano katolikom i do dnia dzisiejszego pełni on funkcję kościoła rektorskiego
1960 – w ramach przeprowadzonej rewaloryzacji odsłonięto najstarsze partie muru na zewnętrznych ścianach z charakterystycznymi dla wiejskich kościółków gotyckich wmurowanymi polnymi kamieniami
1999 – odnowiono kościół, pokryto go nowym dachem, naprawiono wieżę i pomalowano