Urodził się jako Rafael Bottaro y Hers w rodzinie imigrantów pracujących w rolnictwie. Jego ojciec Esteban Bottaro był Włochem, a jego matka María Hers pochodziła z Gibraltaru.
6 kwietnia 1881 wstąpił do Zakonu Braci Mniejszych, gdzie przybrał imiona José María. Pierwsze śluby złożył 15 kwietnia 1882, a śluby wieczyste 16 kwietnia 1885. 25 września 1886 otrzymał święcenia prezbiteriatu.
W zakonie pełnił różnorakie funkcje - był nauczycielem filozofii, teologii dogmatycznej i prawa kanonicznego we franciszkańskich domach formacyjnych, bibliotekarzem w klasztorze w Buenos Aires, mistrzem nowicjatu, brał udział w tworzeniu prasy katolickiej. Następnie był przełożonym klasztorów w Buenos Aires i Aarón Castellanos oraz prowincjałem franciszkańskiej Prowincji Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny z Río de la Plata.
Następnie wyjechał do Rzymu, gdzie przez sześć lat był definitorem[a] przy Kurii Generalnej Zakonu Braci Mniejszych. Później z polecenia papieża pełnił misje dyplomatyczne w Rzymie i różnych krajach Ameryki. W 1910 papież Pius X powierzył mu trudną misję w Meksyku[b], podczas wybuchu rewolucji meksykańskiej i związanych z nią prześladowań Kościoła. O. Bottaro y Hers pełnił tę misję w ubraniu świeckim, ze względu na prawo zakazujące używania stroju duchownego w Meksyku.
Arcybiskup Buenos Aires
Po śmierci poprzedniego arcybiskupa Buenos Aires Mariano Antonio Espinosy w 1923, prezydent Argentyny Marcelo Torcuato de Alvear zaproponował własną listę kandydatów na stołeczną katedrę, która jednak została odrzucona przez papieża Piusa XI. Konflikt spowodował ponad trzyletni wakat na stanowisku arcybiskupa Buenos Aires. Zakończył on się w 1926, gdy zaproponowano kandydaturę o. Bottaro y Hersa, będącą do przyjęcia zarówno przez Watykan jak i argentyński rząd. O. Bottaro y Hers był jedynym arcybiskupem Buenos Aires w historii, który w chwili nominacji nie pełnił żadnej funkcji biskupiej[c]. 67-letni zakonnik był już wówczas na emeryturze i nie pełnił żadnych oficjalnych funkcji.
Będąc arcybiskupem nie przyjął sutanny biskupiej, pozostając przy habicie franciszkańskim. Założył argentyńską Akcję Katolicką. Od 1930 problemy zdrowotne znacznie utrudniały mu wykonywanie obowiązków. 20 października 1932 złożył rezygnację z arcybiskupstwa. Otrzymał wówczas arcybiskupstwo tytularneMacra. Resztę życia spędził w klasztorze franciszkanów w Buenos Aires, gdzie zmarł 11 maja 1935.
↑Stolica Apostolska od 1867 nie utrzymywała oficjalnych stosunków dyplomatycznych z Meksykiem
↑Przed nominacją na katedrę w Buenos Aires biskupami nie byli także hierarchowie sprzed wyniesienia Buenos Aires do rangi stolicy archidiecezji. Ostatni taki przypadek miał miejsce w 1829.
