16 grudnia 1921 roku został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 roku w stopniu starszego kapelana, a 3 maja 1922 roku zweryfikowany w tym stopniu ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 roku i 27. lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymskokatolickiego[3][4][5][6][7]. Od stycznia do października 1922 roku był kapelanem 1 Dywizji Piechoty Legionów w Wilnie. Od października 1922 roku był kierownikiem Rejonu Duszpasterstwa Wojskowego na Litwie, w garnizonach Wilno[8], Stanisławów[9], Lida i Grodno. Następnie został przeniesiony do Lublina, gdzie od 1 października 1924 do 31 stycznia 1925 był kierownikiem Rejonu Duszpasterstwa Wojskowego. Od 1 lutego 1925 sprawował funkcję kierownika Rejonu Duszpasterstwa Wojskowego w Stanisławowie, od 1 maja 1925 proboszcza tamtejszej parafii wojskowej pod wezwaniem świętego Stanisława Biskupa[2]. 20 września 1930 roku otrzymał przeniesienie do Korpusu Ochrony Pogranicza na stanowisko kapelana Brygady KOP „Podole” w Czortkowie i proboszcza tamtejszego kościoła garnizonowego oo. dominikanów[2][10][11]. Od 16 maja 1937 roku był kierownikiem Rejonu Duszpasterstwa Wojskowego w Jarosławiu, administratorem i dziekanem tamtejszego kościoła garnizonowego. W sierpniu 1939 roku zgodnie z przydziałem mobilizacyjnym objął stanowisko szefa służby duszpasterskiej 24 Dywizji Piechoty w Jarosławiu. W tym czasie podczas mobilizacji zarządzonej wobec zagrożenia konfliktem zbrojnym przebywał na ćwiczeniach i manewrach polowych udzielając żołnierzom wsparcia duchowego.
Po wybuchu II wojny światowej we wrześniu 1939 uczestniczył w polskiej wojnie obronnej jako proboszcz 24 Dywizji Piechoty w składzie Armii „Karpaty”. Wraz z jednostką przeszedł szlak bojowy przez Tarnów, Pilzno, Strzyżów, Sądową Wisznię, Birczę, Przemyśl, Janów oraz walki pod Wereszczycą[2]. W dniu agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 odprawił dla żołnierzy poranną mszę świętą polową i tego samego dnia w drodze z Tarnopola do Buczacza, w okolicach Trembowli dostał się do niewoli sowieckiej[2]. W pierwszą noc niewoli mając możliwość ucieczki w Kopyczyńcach, zrezygnował z niej pozostając z wziętymi do niewoli polskimi jeńcami[2]. Trafił do punktu zbornego w Jarmolińcach, następnie do obozu przejściowego w Putywlu, po czym od 4 listopada 1939 był przetrzymywany w obozie w Kozielsku, gdzie nadal pełnił posługę duszpasterską wśród osadzonych żołnierzy, odtąd w formie niejawnej z uwagi na odgórny zakaz prowadzenia kultu religijnego wydany przez administrację obozową. W tym czasie został ukarany kilkutygodniowym pobytem w karcerze (ciężki areszt) za uczestnictwo w nabożeństwie. Po wywiezieniu z obozu kozielskiego duchownych różnych obrządków do moskiewskiego więzienia na Łubiance w przededniu wigilii Bożego Narodzenia 24 grudnia 1939 (ksiądz Ziółkowski prawdopodobnie został wówczas przeoczony przez władze sowieckie; w odnalezionych pamiętnikach obozowych ppor. Bronisław Wajs zanotował pod datą 20 grudnia 1939, iż ksiądz Ziółkowski został karnie „zamknięty do tiurmy na siedem dni”[12]; natomiast jak przypuszczał ocalały inny jeniec Stanisław Swianiewicz, władze obozowe mogły nie zorientować się, iż Ziółkowski jest duchownym z uwagi na jego umundurowanie oficerskie) pozostał ostatnim kapelanem obozowym w Kozielsku aż do jego likwidacji na wiosnę 1940. Po kryjomu i szybko odprawiał mszę świętą w piwnicy zabudowań oraz udzielał komunię świętą, przekazywał także żołnierzom książki do nabożeństwa, w tym O naśladowaniu Chrystusa autorstwa Tomasza Kempisa, które stanowiły dla nich oparcie duchowe. W marcu 1940 był spowiednikiem setek jeńców w czasie świąt Wielkanocnych. Podczas trwających wywózek z obozu, w niedzielę 7 kwietnia 1940 został wywołany do transportu, po czym odbyło się ostatnio tajne nabożeństwo dla jeńców, o czym wspomniał w ocalałym pamiętniku ppor. Dobiesław Jakubowicz[13]. Tego samego dnia ksiądz Ziółkowski został zabrany z grupą jeńców (byli wśród nich generałowie Mieczysław Smorawiński, Bronisław Bohaterewicz i Henryk Minkiewicz oraz ok. 120 oficerów wyższych) do Katynia i prawdopodobnie 9 kwietnia 1940 (w tym samym transporcie był m.in. Adam Solski, który prowadził pamiętnik z ostatnim wpisem tego dnia, relacjonującym przewiezienie do lasu i rewizję) jako jeniec 1801[2] rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Jest pochowany na terenie obecnego Polskiego Cmentarza Wojennego w Katyniu, gdzie w 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 487[14] (przy zwłokach zostały odnalezione wizytówka, legitymacja odznaki KOP, dwie fotografie, drewniana papierośnica oraz dewocjonalia: dwa modlitewniki, różaniec, dwa łańcuszki na szyję)[15][16]. Przed egzekucją został prawdopodobnie zmasakrowany przez oprawców[2]. Dokonująca w 1943 obdukcji komisja sądowo-lekarska wskazała na bestialski sposób pozbawienia życia księdza Ziółkowskiego.
Ukazały się publikacje o księdzu Ziółkowskim: Ksiądz Ziółkowski ostatni kapelan z Kozielska (2003, autorzy: Zdzisław Peszkowski, Barbara Ziółkowska-Tarkowska; Stanisław Zygmunt Zdrojewski; wydana przez Fundację "Golgota Wschodu")[19], Katyńczyk AM 487: wspomnienia o księdzu kapelanie J.L. Ziółkowskim (2006)[20], Ksiądz Ziółkowski – droga do Katynia (2010)[21] – dwie ostatnie napisała bratanica księdza, Barbara Ziółkowska-Tarkowska[22][23].
29 lipca 2007 w kościele Redemptor Hominis parafii św. Bartłomieja Apostoła w Łapanowie została odsłonięta Gablota Pamięci ks. Jana Leona Ziółkowskiego. Przy tej świątyni 19 maja 2009 został odsłonięty obelisk wraz z tablicą pamiątkową upamiętniający ks. Ziółkowskiego; inskrypcja brzmi: „Imię moje Jan Leon Ziółkowski. Wyrosłem z tej ziemi”[26]. Obok zostało także umieszczone epitafium katyńskie upamiętniające księdza[27].
W ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia” księdza Ziółkowskiego uhonorowano poprzez zasadzenie Dębów Pamięci: 17 września 2009 w Połczynie-Zdroju[28], 13 kwietnia 2010 w Bochni[29][30], 19 kwietnia 2010 przy Zespole Szkół im. Jana Pawła II w Łapanowie[31].
Janowi Leonowi Ziółkowskiemu został poświęcony jeden z odcinków filmowego cyklu dokumentalnego pt. Epitafia katyńskie (2010)[32].
Proces beatyfikacyjny
Były jeniec Kozielska, ksiądz Zdzisław Peszkowski zainicjował proces beatyfikacyjny ks. Jana Leona Ziółkowskiego oraz zajął się gromadzeniem dokumentacji i świadectw[33][34][35]. W styczniu 2011 Stowarzyszenie Rodzina Katyńska w Warszawie zgłosiło księdza Jana Leona Ziółkowskiego, jako jednego z 24 kapelanów wojskowych jako kandydatów do procesu beatyfikacyjnego Męczenników Wschodu (1917–1989)[36]. Episkopat Polski powierzył przygotowania do rozpoczęcia procesu beatyfikacyjnego Męczenników Wschodu bp. Antoniemu Dydyczowi[37]. Powstała modlitwa o beatyfikację ks. Jana Leona Ziółkowskiego[38].
↑Dziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 42 z 24 grudnia 1921 roku, poz. 1900.
↑Lista starszeństwa oficerów zawodowych. Załącznik do Dziennika Personalnego Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 13 z 8 czerwca 1922 roku, Zakłady Graficzne Ministerstwa Spraw Wojskowych, Warszawa 1922, s. 406.
↑Decyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w dzienniku Urzędowym MON.