Już w 827 stała się siedzibą biskupstwa, najbardziej wówczas wysuniętego na wschód, w obrębie cesarstwa karolińskiego. Badania archeologiczne potwierdziły istnienie obwarowanej miejscowości z kościołem, już ok. 800 r., w obrębie dzisiejszego wzgórza katedralnego, na podstawie odnalezionych tam licznych grotówwłóczni i ozdobnych naszyjników. Zachowały się pozostałości budowli oraz kamienny pulpit prawdopodobnie wykorzystywany podczas wieców oraz odprawiania nabożeństw. W 859 roku wzniesiono pierwszy kościół katedralny. Od 892 biskup Halberstadt posiadał wszystkie prawa świeckie zaś od 1052 władał obszarem sięgającym na zachodzie niemal po Brunszwik, a na wschodzie ujścia Soławy do Łaby.
Tereny dawnych Sasów były nękane konfliktami – wpierw powstanie saskie – bunt miejscowych notabli przeciwko królom z dynastiiSalickiej, następnie walka między Sztaufami a Welfami. Henryk Lew zniszczył drugą istniejącą tutaj katedrę ottońską i miasto. Już w 1000 roku istniało podgrodzie zajmujące teren obecnego Rynku Rybnego (Fischmarkt). Następnie powstawały podgrodzia na południu aż do dzisiejszych ulic Straße der Opfer des Faschismus i Walter-Rathenau-Straße, zaś w XII wieku Dolne Miasto, na północ od katedry aż po rzekę Holtemme. W 1236 roku rozpoczęto budowę obecnej katedry (zakończoną dopiero w 1491). Od 1397 miasto należało do Hanzy.
W dobie reformacji w 1591 mianowany został pierwszy luterański biskup Halberstadt. O wyborze biskupa decydowała odtąd założona przez Heinricha Juliusa kapituła złożona zarówno z duchownych katolickich, jak i protestanckich. Od zajęcia przez wojska Wallensteina katedrę przejęło ponownie duchowieństwo katolickie. Po zakończeniu wojny trzydziestoletniej Halberstadt został wcielony w skład księstwa Brandenburgia-Prusy
W latach 1681–1682 miasto ogarnęła epidemia dżumy. W 1807 zajęte zostało przez Napoleona i stało się główną siedzibą departamentu Soława (Departement der Saale), w obrębie Królestwa Westfalskiego. Od 1843 do Halberestadt można dojechać koleją. W 1903 w mieście jeździły tramwaje elektryczne.
kościół św. Marcina (Martinikirche), gotycki z XIV wieku, w formie trójnawowej bazyliki, m.in. z barokowym ołtarzem głównym, kazalnicą z 1595 oraz XIV-wieczną chrzcielnicą
