Utworzenie nowej diecezji w tym rejonie Czech było jednym z głównych wysiłków austriackiej rodziny królewskiej, która zamierzała dokonać ponownej rekatolicyzacji Czech po wojnie trzydziestoletniej. Fundacja nowego biskupstwa znacznie się opóźniła w wyniku braku jego odpowiedniego uposażenia. Ostatecznie fundusze na ten cel przekazała hrabina Eusebia Anna von Harrach oraz cesarz Leopold I Habsburg, przekazując na ten cel dochody z wydobywania soli.
10 listopada 1664 r. papieżAleksander VII erygował diecezję hradecką na mocy bulliuniversas Super, podnosząc kościół Św. Ducha do rangi katedry. Diecezja składała się początkowo ze 129 parafii, które wydzielono z archidiecezji praskiej. W 1783 r. cesarz Józef I Habsburg rozszerzył granicę diecezji o południowe powiaty, zwiększając liczbę parafii do 141.
Po zakończeniu II wojny światowej księża i biskupi byli prześladowani przez władze komunistyczne w Czechosłowacji, które trwały faktycznie do jego upadku w 1990 r. W 2002 r. Hradec Králové odwiedził podczas swojej pielgrzymki do Czech papież Jan Paweł II.
