Na podstawie rozkazu ministra obrony narodowej nr 006/Org. z 26 stycznia 1950 przeformowano 15 Dywizję Piechoty na etat terytorialnej dywizji piechoty. W składzie dywizji utworzono 5 baterię przeciwlotniczą. Na miejsce stacjonowania baterii wyznaczono Olsztyn. Baterię sformowano według etatu nr 2/111 baterii przeciwlotniczej terytorialnej DP z 20 stycznia 1950.
Na podstawie rozkazu ministra ON nr 0043/Org. z 17 maja 1951 na bazie 5 baterii przeciwlotniczej sformowano 46 dywizjon artylerii przeciwlotniczej (Jednostka Wojskowa Nr 2321). Dywizjon otrzymał etat nr 2/133 dywizjonu artylerii przeciwlotniczej DP typu „mała konna” z 23 marca 1951.
Na podstawie rozkazu ministra ON nr 0079/Org. z 20 listopada 1952 15 DP przeniesiono na etat dywizji piechoty typu „B”. W związku z powyższym 46 dywizjon artylerii przeciwlotniczej otrzymał etat nr 2/160 dywizjonu artylerii przeciwlotniczej DP typu „B” z 20 listopada 1952.
Na podstawie rozkazu ministra ON nr 0046/Org. z 22 września 1954 nakazano w terminie do 1 maja 1955 przeformować 15 DP na dywizję zmechanizowaną typu „B”. Dywizjon otrzymał nowy etat dywizjonu artylerii przeciwlotniczej DZ typu „B” z 8 listopada 1954.
Na podstawie rozkazu ministra ON nr 0076/Org. z 19 września 1955 dywizjon otrzymał nowy etat dywizjonu artylerii przeciwlotniczej DZ typu „B” z 19 września 1955.
Na podstawie rozkazu ministra ON nr 0025/Org. z 25 kwietnia 1957 dywizjon otrzymał nowy etat dywizjonu artylerii przeciwlotniczej DZ z 2 kwietnia 1957.
Na podstawie rozkazu ministra ON nr 0010/Org. z 2 października 1958 dywizjon otrzymał etat nr 5/239 dywizjonu artylerii przeciwlotniczej z 4 października 1958.
Na podstawie zarządzenia szefa SG WP nr 077/Org. z 19 września 1960 przeformowano dywizjon na nowy etat nr 5/257 dywizjonu artylerii przeciwlotniczej DZ z 19 września 1960.
Na podstawie zarządzenia szefa SG WP nr 076/Org. z 28 sierpnia 1961 15 DZ została przeformowana na etat szkolnej dywizji zmechanizowanej. Dywizjon otrzymał nowy etat.
W 1967 dywizjon został przeformowany na 46 pułk artylerii przeciwlotniczej według etatu pułku artylerii przeciwlotniczej szkolnej DZ. Numer i miejsce stacjonowania pozostały bez zmian.
W drugiej połowie lat 70. XX w. pułk został przezbrojony w zestawy radiolokacyjno-przelicznikowe ZRP-1 „WAZA”.
W 1980 pułk otrzymał nowy etat - pułku artylerii przeciwlotniczej „skadrowanej” DZ.
W 1989 15 DZ została przeformowana na Bazę Materiałowo–Techniczną, a wraz z nią 46 pułk artylerii przeciwlotniczej na 46 Ośrodek Materiałowo–Techniczny.
Na podstawie rozkazu dowódcy Warszawskiego Okręgu Wojskowego nr 05/Org. z 28 stycznia 1994 46 OMT wyłączono ze składu 15 DZ i podporządkowano bezpośrednio szefowi Wojsk OPL WOW. W skład 15 DZ włączono 15 pułk przeciwlotniczy.
Zmiana podporządkowania spowodowała zmianę zadań mobilizacyjnych. Ośrodek stał się bazą mobilizacyjną 46 armijnego pułku artylerii przeciwlotniczej.
Jerzy Kajetanowicz: Polskie wojska lądowe 1945-1960: skład bojowy, struktury organizacyjne i uzbrojenie. Toruń; Łysomice: Europejskie Centrum Edukacyjne, 2005. ISBN 83-88089-67-6.
