Ekvatorial-Guinea deltok første gang i olympiske leker under Sommer-OL 1984 i Los Angeles og har siden deltatt i samtlige sommerleker. De har aldri deltatt i olympiske vinterleker. Ekvatorial-Guinea har aldri vunnet noen medalje.
En av Ekvatorial-Guineas mest kjente utøvere er Éric Moussambani, som under Sommer-OL 2000 i Sydney svømte 100 meter fri på 1.52,72 i sitt kvalifiseringsheat og brukte dermed over dobbelt så lang tid som vinneren.
Utdypende artikkel: Medaljefordeling under OL