På grunn av forskjellige brudd på dopingreglementet har flere utøvere blitt diskvalifisert og fratatt medaljene. Diskvalifiseringene ble utført både under lekene og har blitt utført etter retesting av prøver i etterkant av lekene, noen så sent som i mai 2013, nesten ni år etter at lekene ble arrangert. De fleste av disse medaljene har senere blitt offisielt revidert i statistikkene av Den internasjonale olympiske komité, som også har stått ansvarlig for utføringene av de fysiske omfordelingene.
For utfyllende oversikt over endringer i medaljefordelingen, se egen liste.
Irina Korzjanenko fra Russland ble diskvalifisert, fratatt gullmedaljen og utvist fra lekene etter at dopingprøven hennes viste positivt på stanozolol.[5] Utøveren som dermed ble tilkjent bronsemedaljen, russiske Svetlana Kriveljova ble senere selv diskvalifisert og fratatt bronsemedaljen for positiv dopingprøve (se 5. desember 2012). Den internasjonale olympiske komité (IOK) besluttet da at det ikke skulle deles ut bronsemedalje i denne øvelsen.[6]
Adrián Annus fra Ungarn ble diskvalifisert, fratatt gullmedaljen og utvist fra lekene for brudd på dopingreglementet.[9] Utøverne som dermed ble tilkjent sølvmedaljen, belarusiske Ivan Tsikhan ble senere selv diskvalifisert og fratatt medaljen for positiv dopingprøve (se 5. desember 2012). IOK besluttet da at det ikke skulle deles ut sølv- og bronsemedalje i denne øvelsen.[10]
Cian O'Connor fra Irland ble diskvalifisert og fratatt gullmedaljen i Sprangridning, individuelt da hans hest, Waterford Crystal, viste positivt på de forbudte stoffene fluphenazin og zuclopenthixol.[14]
I de to første sakene ble medaljene ikke omfordelt, da utøverne som skulle mottatt medaljene selv hadde positive dopingprøver fra lekene i 2004.[19][20]
5. mars 2013 besluttet IOK at ukrainske Jurij Bilonoh var diskvalifisert og fratatt gullmedaljen i kulestøt, menn på grunn av positiv dopingprøve etter retesting. Medaljene ble deretter omfordelt.[21][22]
IOKs Executive Board besluttet under sitt møte 30. mai 2013 at Svetlana Kriveljova fra Russland var diskvalifisert og fratatt bronsemedaljen i kulestøt, kvinner og at Irina Jattsjenko fra Belarus var diskvalifisert og fratatt bronsemedaljen i diskoskast, kvinner, begge på grunn av at retesting av dopingprøver fra lekene i 2004 ga positivt utslag på forbudte stoffer.[23]
12. februar 2013 besluttet IOK at den russiske vektløfteren Oleg Perepetsjenov var diskvalifisert og fratatt bronsemedaljen i 77 kg, menn etter at retesting av dopingprøvene fra lekene i 2004 viste positivt for anabole steroider.[24] Omfordelingen av medaljen ble bekreftet av IOKs Executive Board under møtet 30. mai 2013.
I 2010 innrømmet Crystal Cox fra USA, at hun hadde brukt anabole steroider mellom 2001 og 2004. Derfor ble alle hennes resultater i denne perioden strøket og hun godtok en utestengelse på fire år, fram til januar 2014.[25][26] I 2013 ble IAAF og IOK enige om at kun Crystal Cox var diskvalifisert og at de andre deltakerne på USAs stafettlag fikk beholde gullmedaljene fra øvelsen. Reglene på dette tidspunktet sa at et lag ikke kunne diskvalifiseres dersom enkeltutøvere som ikke deltok i finaleløp ble diskvalifisert. Cox løp i forsøksheatet, men ikke i finalen.[27]
Athen ble valgt som vertskapsby for lekene i 1997, etter at de til manges forundring ikke hadde blitt valgt som vertskapsby for Sommer-OL 1996. Da hadde Athens søknad i hovedsak vært basert på at det ville vært 100-årsjubileum for de moderne olympiske leker. Ved tildeling av Sommer-OL 2004 vant Athen over Roma i den siste avstemningen med 66 mot 41 stemmer. Før dette hadde Buenos Aires, Stockholm, Cape Town og San Juan allerede blitt slått ut.
På grunn av terrorangrepet mot USA den 11. september2001, var frykten for terrorisme enorm. På grunnlag av det ble sikkerhetsbudsjettet for lekene økt til svimlende 970 millioner euro. Under lekene patruljerte omtrent 70 000 politimenn gatene og stadionanleggene. Også NATO og EU bidrog med hjelp etter at Athen hadde ytret et ønske om assistanse.
Da Den internasjonale olympiske komité uttrykte sin bekymring over framgangen i konstruksjonsarbeidet på de nye olympiske anleggene, ble en ny organisasjonskomité satt sammen, med OL-president Gianna Angelopoulos-Daskalaki som leder. Athen ble forandret til en by som bruker moderne teknologi i transport og byutvikling. Noen av de mest moderne sportsarenaer i verden ble bygget til sommer-OL 2004.
I slutten av mars2004 var de fleste av forberedelsene til de olympiske lekene kraftig forsinket, så de greske myndighetene annonserte at man ville gå bort fra planen om å bygge tak over svømmeanlegget. Stadionanlegget sto ferdig kort tid før de olympiske lekene startet, senere enn noe OL tidligere.
19 personer døde under arbeidet med å få de olympiske stadionanleggene ferdig til åpningen.
Den olympiske ilden ble tent den 25. mars i Olympia. Deretter tok den fatt på en stafett rundt jorden, hvor den besøkte tidligere arrangørbyer, i tillegg til en del andre større byer.
Før lekene gikk de greske hotellarbeiderne ut i flere endagsstreiker om lønn under lekene. De hadde et ønske om en betydelig lønnsøkning under perioden. Også ambulansesjåførene og helsepersonellet hadde også protestert, da de ønsket samme kompensasjon som politi og militært personell.
Maskoter
Siden Vinter-OL 1968 i Frankrike har det vært en tradisjon å ha maskoter for lekene. Maskotene for De olympiske leker i 2004 var søsknene Athiná and Phévos (Uttalt Athina og Fivos på gresk). De var inspirert av antikke, greske "dukker", som hadde religiøse aner.
Åpningsseremonien
Åpningsseremonien, som ble avholdt 13. august2004 startet med en tretti sekunders nedtelling med lyden av rytmiske hjerteslag som bakgrunnsmusikk. Når nedtellingen var fullført, ble fyrverkeri som lyste opp skyene skutt opp, samtidig som ild brøt ut fra et reflekterende basseng i midten av stadionet, som laget et brennende bilde av OL-ringene. Åpningsseremonien var en visning av gresk kultur og historie helt tilbake til den mytologiske begynnelsen. Programmet begynte med en ung gresk gutt som kom seilende inn på stadionet, viftende med det greske flagget. Siden kom flere kjente skikkelser fra de gamle greske mytene, fulgt av en parade som kronologisk oppsummerte gresk historie fra antikken og fram til de moderne tider.
Etter at det artistiske skuespillet var ferdig, kom paradene med alle deltagernasjonene. 10 500 atleter marsjerte under bannerene til 202 nasjoner. Basert på tilskuernes reaksjon, var det emosjonelle høydepunktet Afghanistans inntreden. Afghanistan har vært fra de olympiske leker for en stund, og hadde nå kvinnelige utøvere for første gang. Andre nasjoner som fikk oppmerksomhet var Irak, foruten Nord-Korea og Sør-Korea som på symbolsk vis marsjerte samlet bak det koreanske gjenforeningsflagget. Det ble senere musikk av den nederlandske artisten Tiësto, og den islandske artisten Björk sang.
Åpningsseremonien ble avsluttet med tenningen av den olympiske ilden, som skulle brenne under hele de olympiske lekene. Det var den 36 år gamle brettseilerenNikolaos Kaklamanakis som fikk æren av å tenne den olympiske ilden. Etter at ilden var tent, ble det atter en gang sendt opp spektakulært fyrverkeri.
Medaljeøvelsene
De offisielle øvelsene er listet under. For første gang ble inneholdt de olympiske leker bryting for kvinner, og kvinnene fikk også kjempe i sabel i fekting for første gang. Amerikanske Kristin Heaston, som åpnet kvalifiseringsrunden i kulestøt for kvinner, ble første kvinne til å konkurrere på den gamle banen i Olympia, og kubaneren Yumileidi Cumba ble første kvinne til å vinne en gullmedalje der. Demonstrasjonsidretten rullestolkjøring markerte en forent OL/paralympics-øvelse ved å tillate en paralympics-gren i de olympiske lekene, og å åpne opp for rullestolkjøring i fremtiden for folk som ikke kan konkurrere i de paralympiske leker.
De paralympiske leker startet 17. september, og ble også avholdt i Athen.