Han begynte sine studier under andre verdenskrig, men gikk med i Milorg som 19-åring i 1943. I maidagene 1945 ble han sendt for å innta Slottet. Det ble senere populært sagt at han erobret Slottet alene til sykkel, kun med en enkel Colt pistol.[2]
Waaler tok doktorgraden i 1959 på en avhandling om blod: «Contact Activation in the Intrinsic Blood Clotting System: Studies on a Plasma Product Formed on Contact With Glass and Similar Surfaces.»