Kahn debuterte for Karlsruher SC i 1987. I 1994 vart han overført til Bayern München mot 4,6 millionar tyske mark. Fram til han la opp i 2008 var han med om å vinne Bundesliga åtte gongar og DFB-pokalen seks gongar. I 1996 vakta han målet då Bayern vann UEFA-cupfinalen, sameleis då laget i Meisterligafinalen 1999 vart overrumpla av Manchester United i sluttminutta og enda opp med 1-2-tap. To år seinare lukkast Kahn og Bayern München vinne Meisterligaen 2001 gjennom straffesparktevling mot Valencia CF.
Landslagsspel
Frå 1995 til 2006 var Kahn med i det tyske fotballandslaget. Han var med i EM-troppa 1996, utan å kome på bana. Under VM i fotball 2002 spelte Kahn ei framifrå turnering og var hovudgrunnen til at Tyskland tok seg til finalen. Trass i eit mistak på Brasils fyrste finalemål, og tysk finaletap 0-2, vart Kahn kåra til meisterskapens beste spelar. Han spelte 86 landskampar.