Prostiet vart skipa i 1749. Då vart prestegjelda Aremark, Askim, Eidsberg, Rakkestad, Rødenes og Trøgstad skilde ut frå Øvre Borgesyssel prosti. Prostiet hadde frå starten namnet Mellom Borgesyssel prosti. Namnet vart endra til Østre Borgesyssel ved opprettinga av Borg bispedøme i 1973.[2]
Sokn
Prostiet er inndelt i sokn. Soknet er grunneininga i Den norske kyrkja. Dei som arbeider i kyrkja er anten tilsette av soknet gjennom kyrkjeleg fellesråd, eller dei er tilsette i prostiet. Dei fleste prestane er tilsette i prostiet, og har tenesta si knytt til eitt eller fleire sokn.