Jan Willem Janssens bleef in Franse krijgsdienst totdat in april 1814 de Franse troepen werden teruggetrokken. Daarna gaf hij adviezen aan koning Willem I. Hij werd tot generaal der Infanterie benoemd, en vervolgens tot minister van Oorlog. De koning verhief hem ook in de adelstand.
Van 1815 tot 1838 was Janssens de eerste kanselier van de Militaire Willems-Orde. In deze functie gaf hij, geheel alleen want het voorgeschreven kapittel werd nooit benoemd, leiding aan de eerste jaren van die orde. Generaal Janssens adviseerde de koning over benoemingen en gaf ook staatsrechtelijke adviezen. Hij was kort voor zijn dood betrokken bij de instelling van de Ruit van Bonjol.