In 1051 trad hij onder druk van zijn vader (en in strijd met het canoniek recht) in het huwelijk met zijn achternicht (5e graad), Richilde van Henegouwen, weduwe van de recentelijk overleden graaf Herman van Bergen. Dit huwelijk maakte hem tot graaf "Boudewijn I van Henegouwen". Zijn twee stiefkinderen werden in de geestelijke stand ondergebracht opdat zij geen bedreiging zouden vormen voor zijn nakomelingen. Bovendien zijn er aanwijzingen dat stiefzoon Rogier (1066 bisschop van Châlons-en-Champagne) een lichamelijk gebrek had. Boudewijn en Richilde werden in 1052 in de ban geslagen door de prins-bisschop van Kamerijk, maar dit werd door paus Leo IX ongedaan gemaakt.
Toen Boudewijn na de dood van zijn vader, Boudewijn V deze in 1067 in Vlaanderen kon opvolgen, werd het graafschap Henegouwen in een personele unie met Vlaanderen verenigd. In 1068 stichtte Boudewijn Geraardsbergen. Al snel na zijn aantreden kreeg hij ernstige gezondheidsklachten. In 1070 regelde hij zijn opvolging op een hofdag in Oudenaarde.
Hij overleed en werd begraven in de abdij van Hasnon. Boudewijn is de geschiedenis ingegaan als een uitstekend bestuurder. In zowel Henegouwen als Vlaanderen werd hij opgevolgd door zijn vijftienjarige zoon Arnulf, totdat deze verslagen werd in de Slag bij Kassel (1071) en Boudewijns broer, Robrecht I de Fries de macht in Vlaanderen overnam.
Nazaten
Boudewijn en Richilde kregen de volgende kinderen: