Berdasarkan keputusan undian peringkat kumpulan, jadual perlawanan untuk Pusingan 16 pasukan diputuskan seperti berikut. Setiap pasukan akan bermain dalam satu perlawanan, dihoskan oleh juara setiap kumpulan (Pasukan 1) dengan naib juara kumpulan yang lain (Pasukan 2).[1]
Pada 16 Oktober 2015, Persatuan Bola Sepak Kuwait telah digantung oleh FIFA.[3] Oleh itu, kedua-dua Al-Qadsia dan Al-Kuwait tidak lagi layak untuk bersaing dalam Piala AFC. Separuh Akhir Kedua telah dibatalkan, Johor Darul Ta'zim dan Istiklol mara ke perlawanan akhir dengan kemenangan percuma.[4]