Kerajaan negeri terdiri daripada hanya dua cawangan - eksekutif dan perundangan. Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri Sembilan membentuk cawangan eksekutif, manakala Dewan Undangan Negeri Sembilan adalah badan perundangan kerajaan negeri. Ketua kerajaan Negeri Sembilan ialah Menteri Besar. Kerajaan negeri tidak mempunyai cawangan kehakiman, memandangkan sistem kehakiman Malaysia ialah sistem persekutuan yang beroperasi seragam di seluruh negara.
Menteri Besar ialah ketua kerajaan di Negeri Sembilan. Beliau secara rasminya dilantik oleh Yang di-Pertuan Besar, ketua negeri Negeri Sembilan, selepas mendapat kepercayaan daripada majoriti Ahli Dewan Undangan Negeri Sembilan. Menteri Besar dan Majlis Eksekutifnya akan bertanggungjawab secara kolektif kepada Dewan Undangan Negeri. Pejabat Menteri Besar terletak di dalam Wisma Negeri di Seremban.
Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri Sembilan membentuk cawangan eksekutif kerajaan negeri Negeri Sembilan dan berfungsi sama dengan Kabinet Persekutuan Malaysia. Majlis Eksekutif terdiri daripada Menteri Besar, dan antara empat dan 10 ADUN dari Dewan Undangan Negeri Sembilan. Selain itu, tiga orang ex officio anggota Majlis Eksekutif adalah Setiausaha Kerajaan Negeri, Penasihat Undang-undang Negeri dan Pegawai Kewangan Negeri.
Dewan Negeri Undangan Sembilan ialah cawangan perundangan kerajaan negeri Negeri Sembilan. Badan perundangan unikameral terdiri daripada 36 kerusi yang mewakili 36 kawasan Dewan Undangan Negeri di Negeri Sembilan, dengan setiap kawasan yang diwakili oleh Ahli Dewan Undangan Negeri yang dipilih. Dewan Undangan Negeri mengadakan sidang di Wisma Negeri, Seremban
Badan perundangan mempunyai mandat maksimum lima tahun[3] oleh undang-undang dan mengikuti sistem pelbagai parti; parti pemerintah (atau gabungan) dipilih melalui sistem pemenang undi terbanyak. Yang di-Pertuan Besar boleh membubarkan badan perundangan pada bila-bila masa dan biasanya berbuat demikian atas nasihat Menteri Besar.
Seorang Yang di-Pertua dipilih oleh Dewan Undangan Negeri untuk mempengerusikan proses dan perdebatan legislatif. Yang di-Pertua boleh atau tidak boleh menjadi Ahli Dewan Negeri yang dipilih.
Pentadbiran negeri
Pentadbiran kerajaan negeri Negeri Sembilan dibantu oleh pelbagai agensi kerajaan negeri yang diketuai oleh para Pegawai Tadbir Kerajaan Negeri Sembilan yang diketuai oleh Setiausaha Kerajaan Negeri Sembilan. Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri Sembilan terletak di Wisma Negeri, Seremban. Atas sistem Federalisme, pentadbiran kerajaan negeri turut dilengkapi agensi kerajaan persekutuan yang beroperasi kebanyakannya di Wisma Persekutuan, Seremban.
Pentadbiran daerah
Negeri Sembilan mempunyai 7 buah daerah. Setiap daerah ditadbir oleh Pejabat Daerah dan Tanah yang diketuai oleh seorang Pegawai Daerah, iaitu Jelebu, Jempol, Kuala Pilah, Port Dickson, Rembau, Seremban dan Tampin. Terdapat juga sebuah daerah kecil yang ditadbir oleh Pejabat Daerah Kecil dan Tanah dalam daerah Tampin, iaitu Gemas. Daerah kecil ini diketuai oleh Ketua Penolong Pegawai Daerah.
Pentadbiran adat di Negeri Sembilan mepunyai 4 lapisan dan berkonsepkan demokrasi. Lapisan paling bawah ialah Perut yang diketuai oleh Buapak. Buapak menjadi tempat rujukan soal yang berkaitan dengan adat dan hukum. Selain Buapak, Ibu Soko juga berperanan menjadi rujukan berkaitan peradaban dan kehidupan adat peringkat bawah. Lapisan kedua pula ialah Suku yang mengumpulkan beberapa Perut. Suku diketuai oleh Dato' Lembaga. Lapisan ketiga ialah Luak. Terdapat 4 buah Luak utama di Negeri Sembilan iaitu Rembau, Sungai Ujung, Johol dan Jelebu. Luak utama diketuai oleh seorang Dato' Undang. Selain itu, terdapat satu lagi luak yang kelima dipanggil Luak Tanah Mengandung. Luak Tanah Mengandung terdiri daripada lima luak kecil iaitu Luak Inas, Luak Ulu Muar, Luak Gunung Pasir, Luak Terachi dan Luak Jempol. Setiap luak kecil ini ditadbirkan oleh seorang ketua yang bergelar Penghulu Luak. Lapisan keempat ialah Yang di-Pertuan Besar Negeri Sembilan sendiri yang dibantu oleh Dewan Keadilan dan Undang Negeri Sembilan.
Bagi pentadbiran kerajaan tempatan, negeri ini dibahagikan kepada tujuh buah pihak berkuasa tempatan yang terdiri daripada sebuah Majlis Bandaraya, 2 Majlis Perbandaran dan 4 Majlis Daerah. Majlis Bandaraya diketuai oleh Datuk Bandar, manakala Majlis Perbandaran dan Majlis Daerah diketuai oleh Yang di-Pertua Majlis.
