Gyvenvietė kūrėsi XVI a. prie Skapų dvaro (minimas nuo 1555 m.), netoli Mituvos ežero. Tarp 1492 ir 1506 Lietuvos didysis kunigaikštis Aleksandras Skapų valdomame Mituvos miestelyje leido rengti turgus. Pirmoji Skapiškio bažnyčia minima 1519 m. Miestelio planas susiformavo XVII a. – buvo radialinės struktūros, su netaisyklingos formos išplėstos gatvės pavidalo aikšte. Skapiškis Magdeburgo teises ir prekybos privilegijas gavo XVII a. 2-ojoje pusėje. 1666 m. Skapiškyje leistas turgus ir 4 prekymečiai, 1668 m. privilegija pakartota.
1752 m. pastatytas dominikonų vienuolynas (veikė iki 1832 m. nugriautas XX a. viduryje). Nuo 1775 m. vienuolyne veikė parapinė mokykla.[4] Iki I pasaulinio karo miestelyje buvo dvi bažnyčios; Šv. Lauryno kankinio bažnyčia sudegė, o Šv. Jackaus (dominikonų) išliko. Miestelis garsėjo pirmadienio turgumis. Nuo 1858 m. skapiškėnai aktyviai dalyvavo vyskupo Motiejaus Valančiaus vadovaujamame blaivybės sąjūdyje, 1862 m. su Skapiškiu besiribojančiuose Dailiūnuose pastatė Blaivybės paminklą kaip pažadą nebegerti degtinės (statytojas A. Vinclavas, per II pasaulinį karą 1944 m. paminklas smarkiai suniokotas, po karo nugriautas, 1990 m. atstatytas, architektas R. Valeckas). Per 1830–1831 m. sukilimą pro Skapiškį žygiavo F. Grotkovskio sukilėlių dalinys.[4] Per 1863–1864 sukilimą gegužės 4 d. miestelį užėmė Z. Sierakausko rinktinė. 1893 m. greta Skapiškio nutiesus Radviliškio–Daugpilio geležinkelį už 3 km į pietus kūrėsi Skapiškio stoties gyvenvietė. XIX a. pabaigoje Skapiškis minimas kaip miestelis Zarasų apskrityje, valsčiaus centras.[8]
1919 m. birželio 3 d. buvo Lietuvos savanorių išvaduotas iš bolševikų.[9]
1921–1925 m. Skapiškyje veikė tautodailininkės V. Silvestravičiūtės dirbtuvės, kuriose austa tautinių juostų staklėmis, tai buvo vienintelė tokia įmonė šalyje.[10] Tarpukariu Skapiškyje veikė pieninė, 2 malūnai, žemės ūkio kooperatyvas, smulkaus kredito draugija. Veikė šauliai, pavasarininkai ir jaunalietuviai.[11]
1941 m. liepą nacių Vokietijos okupacinės valdžios įsakymu Velniaduobės miške prie Rokiškio nužudyti Skapiškio žydai.[4] 1944 m. lapkritį miestelį buvo užėmę Lietuvos partizanų būriai. 1940–1941 m. ir 1944–1953 m. sovietų valdžia ištrėmė 38 miestelio gyventojus.[4] Sovietmečiu buvo kolūkio centrinė gyvenvietė, veikė pieninė.
Skapiškyje rengiamas kasmetinis tarptautinis teatrų festivalis „Pienių vynas“.[4] 2023 m. patvirtintas Skapiškio herbas.
.JPG)
.JPG)
