2011년3월 16일, 샬케는 마가트를 경질하였다.[5] 하루 뒤, 그는 첫 우승을 이끌었던 VfL 볼프스부르크의 감독으로 복귀하였다. 하지만 괴팍한 성격과 강압적인 선수 장악은 여전했고 2012-13시즌 초 FC 바이에른 뮌헨 원정 0-3 패배 후, 러닝을 마친 선수들에게 "물 마실 자격도 없다"라며 음료를 주지 않아 마찰을 빚기도 했다. 이후 선수들의 정신력과 유대감을 다잡기 위한 조치였다고 해명했지만, 선수단의 불만은 가시지 않았다. 2012년10월 25일, 독일 언론에서 펠릭스 마가트가 성적 부진을 이유로 볼프스부르크에서 경질당했다고 보도했다. 마가트가 경질된 후 포르투나 뒤셀도르프와의 경기에서 VfL 볼프스부르크는 4-1로 대승을 거두었고, 경기 직후 디에구는 독일 일간지 빌트를 통해 "우린 정말 즐겁다. 모든 선수들이 자유롭다. 우린 90분을 즐겼고, 우리가 행복한 것처럼 우리의 전 코치도 행복해지길 바란다"라며 마가트 전 감독이 경질된 상황을 즐기고 있다고 말했다.
감독으로써, 마가트는 강인한 정신과 신체 단련에 기초한 강도 높은 훈련으로 많은 이들로 호평을 받았다. 선수들은 "사담" (사담 후세인과 비슷한 외모), 혹은 "크밸릭스"(Quälix, 이름 "Felix"와 괴롭히다 라는 뜻을 지닌 "quälen"의 합성어) 라는 별명을 지었다.[6]
마가트는 아샤펜부르크의 전 푸에르토리코인 미군기지에서 근무하던 아버지와 독일인 어머니 사이에서 태어났다. 아버지는 그와 어머니를 두고 1954년 고향으로 돌아갔다. 15살 때, 마가트는 아버지에 대해 알게 되었고, 그는 푸에르토리코의 아버지에 편지를 썼다. 1999년, 그는 푸에르토리코를 방문하였고, 그의 아버지를 만났다. 그 후로 그는 아버지를 매년마다 2번씩 만나게 되었다.
