1994년 7월부터 1995년 8월까지 아인트라흐트 프랑크푸르트 2군을 지휘하며 지도자의 길에 들었다.[3] 이후, 1997년 7월부터 1998년 4월까지 만하임을 지도하였다.[4] 보머는 이후 빅토리아 아샤펜부르크로 둥지를 옮겨 1998년 7월부터 2000년 6월까지 지휘봉을 잡았다.[5] 보머는 2000년 10월에 바커 부르크하우젠의 감독이 되어[3] 취임 첫 경기에서 전 소속 구단인 만하임을 4-3으로 이겼다.[6] 보머는 4년 후인 2004년 7월에 1860 뮌헨의 감독이 되었다.[3] 그러나, 그의 임기는 2004년 12월에 15번의 경기를 치르며 5승을 거두는 데 그쳐 끝났다.[3] 보머의 다음 보직은 자르브뤼켄 감독이었다.[3] 그는 2005년 8월부터 2006년 5월까지 이 보직을 맡았다.[3] 보머는 2006년 7월부터 2008년 11월까지 뒤스부르크를 지휘하며 28승 21무 31패를 기록했다.[3] 보머는 2011년 7월에 바커 부르크하우젠으로 복귀해 2011년 12월까지 지휘했다.[3] 그는 그 다음 달에 에네르기 콧부스 감독이 되어 2013년 11월까지 지도했다.[3]