1990년 FIFA 월드컵 아프리카 지역 예선에는 24개국이 참가, 2장의 티켓을 두고 예선을 치렀다. 당초 26개국이 참가를 희망했으나, 모리셔스와 모잠비크는 FIFA에 진 빚 때문에 참가 신청이 받아들여지지 않았다.
당시 아프리카 지역 예선은 3라운드에 걸쳐 치러졌다. 1라운드는 참가한 24개국 중 가장 순위가 낮은 아프리카 팀 16팀을 2팀씩 조를 편성해 홈 앤 어웨이로 경기를 치러 8팀이 2라운드에 진출한다. 2라운드에서는 직행한 8팀과 1라운드의 8팀, 총 16팀으로 4팀씩 한 조로 홈 앤 어웨이 경기를 펼쳐 각 조의 1위 팀만 최종 라운드에 진출한다. 최종라운드는 4팀이 진출하며, 2팀씩 조를 편성해 홈 앤 어웨이 경기를 치러, 승리한 두 팀이 월드컵에 아프리카 대표로 출전한다.
