최초로 이 지역에 도착한 유럽인은 1515년판트마카사르(Pante Macassar)에 도착한 포르투갈인들로 추정된다. 1556년도미니코 수도회가 리파우(Lifau) 마을을 세웠으며 1702년 포르투갈의 식민지로 편입되었다. 주요 수출품은 백단향이었다.
1767년티모르섬의 나머지 부분과 주변의 섬들(현재의 인도네시아 영토)을 식민지로 삼고 있던 네덜란드의 공격을 받았고 1769년 수도를 딜리로 옮겼다. 1859년 리스본 조약에 따라 포르투갈령 티모르와 네덜란드령 동인도의 공식적인 경계선이 결정되었고 1916년헤이그에서 최종적으로 확정되었다. 이 경계선은 현재의 인도네시아와 동티모르의 국경선으로 남아 있다.