2013년 친정팀 제주 유나이티드의 2군 감독으로 취임하여 2014년까지 팀을 맡다가 2014 시즌 종료 후 당시 감독인 박경훈 현 수원 삼성 블루윙즈 단장이 감독직에서 사임하자마자 친정팀 제주의 후임 사령탑으로 부임했지만 리그가 진행 중이던 2016년 10월 AFC 챔피언스리그 출전팀 감독의 P급 자격 요구 문제로 인해 잠시 수석코치로 내려와 2016년 K리그1 3위 및 2017년 AFC 챔피언스리그 플레이오프 진출을 이끌었고 2016 시즌을 마친 후 아시아 축구 연맹에서 이에 대한 규정을 완화하면서 감독직으로 복귀했는데 그 당시 P급 자격 강습회에 참가 중이었다.
그러다가 월드컵 브레이크 이후인 2018년 7월 7일 수원 삼성 블루윙즈와의 15라운드 승리 이후 30라운드까지 리그 15경기에서 8무 7패의 최악의 성적을 남겼음에도 31라운드부터 33라운드까지 3연승을 기록하며 상위스플릿 진출에 성공했고 상위스플릿 5경기에서도 3승 1무 1패의 준수한 성적을 거두며 5위로 시즌을 마쳤다.
그러나 차기 시즌인 2019년 K리그1에서는 9라운드까지 4무 5패로 강등권까지 추락하는 최악의 부진을 보이면서 팬들로부터 엄청난 질타를 받았고 결국 9라운드 이후인 2019년 5월 2일 제주 감독직에서 사퇴하면서 6년간 몸 담았던 제주와의 동행을 마무리했으며 이후 제주는 최윤겸 감독이 사령탑을 맡았으나 결국 팀의 강등을 막지는 못했다.
제주의 감독에서 물러나고 1년 3개월 동안 야인으로 지내다가 임완섭 감독의 후임으로 2020년 8월 7일 인천 유나이티드의 사령탑으로 취임한 뒤 인천 감독 데뷔전인 성남 FC와의 2020년 K리그1 15라운드 경기에서 0-2로 패했지만 부임 후 리그 13경기에서 7승 1무 5패의 성적을 거두며 강등 위기에 빠진 인천의 기적적인 K리그1 잔류를 이끌었다.
그리고 2022년 K리그1에서는 리그 33경기에서 12승 13무 8패를 기록하며 인천 구단 역사상 첫 상위 스플릿 진출이라는 쾌거를 이끌어 냈고 비록 파이널 A 5경기에서 1승 2무 2패로 부진했지만 최종 4위로 2005년 준우승 이후 17년만에 인천 구단 리그 최고 성적을 이뤄내며 2023-24년 AFC 챔피언스리그 예선 플레이오프 진출을 이끌어냈다.
