가마쿠라 시대에는 무사가 귀족에서 권력을 빼앗고 힘을 순조롭게 기르던 시대이기도 했다. 이 시대에는 임제종과 조동종이라는 두 선종이 잇따라 중국에서 소개되었다. 힘을 길러 가고 있었던 사무라이 집단이 선호한 것에 기반해 가마쿠라 등 많은 선사가 지어져 매우 번창했다. 이 대표적인 것을 「가마쿠라 오산」이라고 한다. 또한 호관사동식 불교 사서인 「원형석서」가 이 시기에 저술되었다.
더 전통적인 불교 사이에서도 현재 상황을 비판하는 움직임이 높아졌다. 특히 율종과 거기에서 파생 된 진언 율종 등에서는 사회 복지 사업 등에 나서면서 민중 구제에 참가 뿐만 아니라 스스로 국가의 지정된 과단을 거부하고 자신의 수계 의식을 시작하는 등 새로운 종파보다 혁신적인 움직임조차 보였다.
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