에스토니아 축구 국가대표팀(에스토니아어: Eesti jalgpallikoondis)은 에스토니아를 대표하는 축구 국가대표팀으로 에스토니아 축구 협회에서 관리하고 있다. 유럽 축구 약체로 평가받는 팀들 가운데 하나로 1920년10월 17일핀란드와의 A매치 데뷔전에서 0-6으로 패했다. '파란 티셔츠'라는 별칭을 보유하고 있으며 현재 A. 레 코크 아레나를 홈 구장으로 사용하고 있다.
월드컵 본선 경험은 없으며 2006년 FIFA 월드컵 유럽 지역 예선에서 12경기 5승 2무 5패·3조 4위로 그나마 가장 좋은 성적을 거두었고 이는 에스토니아가 유일하게 5할 이상의 승률을 기록한 월드컵 지역 예선으로 남아 있으며 이 과정에서 같은 최약체팀인 라트비아, 리히텐슈타인, 룩셈부르크 등을 상대로 승리를 거두었다.
네이션스리그의 첫 시즌에서 리그 C에 편입된 에스토니아는 그리스, 핀란드, 헝가리와 함께 2조에 편성되어 조별예선에서 1승 1무 4패·조 최하위에 머물렀다. 다만 그리스와의 최종전에서 1-0으로 승리를 거두었으며 차기 시즌 리그 진행 방식 변경으로 인해 리그 D로의 강등은 이뤄지지 않았다.
