조선 시대 때 한양에 종을 처음 건 것은 1398년(태조 7년)으로, 광주에서 주조한 종을 청운교 서쪽 종루에 걸었다. 1413년(태종 13년)에 종루를 통운교(지금의 종로네거리)로 옮기고 1458년(세조 4년)에는 새로운 종을 주조하여 달았으나 임진왜란으로 종루는 소실되고 종도 파괴되었다. 그 후 1619년(광해군 11년)에 종각을 다시 짓고 종을 걸었는데 이때 세운 종각은 임진왜란 전의 2층 종루가 아니고 1층 종각이었으며 여기에 건 종은 명례동(지금의 명동 인근) 고개에 있었던 것을 옮겨왔다고 한다.
보신각종은 본래 원각사에 있던 종으로 세조 때에 주조한 것인데 1536년(중종 31년)에 숭례문 안으로 옮겨 놓았다가 1597년(선조 30년) 명례동 고개로 옮겼던 것을 광해군 때 종각을 복구하면서 이전한 것이다. 그 후 조선 후기까지 4차례나 화재와 중건이 있다가 1895년(고종 32년)에 종각에 '보신각'이란 편액이 걸린 이후 종도 보신각종이라 부르게 되었다. 6·25전쟁으로 종각이 파손된 것을 1953년 중건하였다가 1979년 다시 철근 콘크리트 구조의 2층 종루로 복원하였고, 원래의 종을 보존하기 위해 1985년에 새로운 종을 주조하여 지금에 이른다.
현재
보신각의 편액은 보신각이라는 이름을 명명한 고종이 직접 쓴 현판이었으나, 6·25 전쟁으로 전소했다. 현재의 편액은 1953년 중건 당시에 내걸었으며, 편액의 글씨는 이승만 대통령이 직접 썼다. 1979년 지금의 모습으로 복원된 보신각은 서울을 상징하는 대표적인 전통 목조 건물로 알려져 있다.
매년 양력1월 1일 밤 12시를 기해 보신각종을 33번 치는 제야의 종 타종 행사는 대한민국의 가장 대표적인 새해 맞이 행사이다. 매년 제야의 종 타종 행사가 열릴 때마다 수많은 시민이 보신각 앞에 운집하는 것으로도 유명하다. 제야의 종 타종 행사에서는 정례적으로 서울특별시장, 서울특별시의회 의장, 서울특별시교육감, 서울특별시지방경찰청장, 종로구청장이 참석하며 서울특별시 홈페이지 등을 통해 추천받은 다양한 분야를 대표하는 시민 대표 11명이 참여한다.