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2016年のMLBドラフト（英語: 2016 First-Year Player Draft）とは、2016年6月に行われたMLBのアマチュアドラフトである。

1巡目指名

1巡目（全体41位）にピッツバーグ・パイレーツが指名したニック・ロドロはテキサスクリスチャン大学へ進学するため、契約には至らなかった^[1]。

	= オールスター
	= MLB未出場		= 契約せず

順位	選手	チーム	守備位置	学校
1	ミッキー・モニアック	フィラデルフィア・フィリーズ	外野手	ラコスタ・キャニオン高等学校
2	ニック・センゼル	シンシナティ・レッズ	三塁手	テネシー大学
3	イアン・アンダーソン	アトランタ・ブレーブス	投手	シェネンデホワ高等学校
4	ライリー・パイント	コロラド・ロッキーズ	投手	セントトーマス・アクイナス高等学校
5	コーリー・レイ	ミルウォーキー・ブルワーズ	外野手	ルイビル大学
6	A.J.パック	オークランド・アスレチックス	投手	フロリダ大学
7	ブラクストン・ギャレット	マイアミ・マーリンズ	投手	フローレンス高等学校
8	カル・クアントリル	サンディエゴ・パドレス	投手	スタンフォード大学
9	マット・マニング	デトロイト・タイガース	投手	シェルドン高等学校
10	ザック・コリンズ	シカゴ・ホワイトソックス	捕手	マイアミ大学
11	カイル・ルイス	シアトル・マリナーズ	外野手	マーサー大学
12	ジェイ・グルーム	ボストン・レッドソックス	投手	バーニガット高等学校
13	ジョシュ・ロウ	タンパベイ・レイズ	三塁手	アラン・C・ポープ高等学校
14	ウィル・ベンソン	クリーブランド・インディアンス	外野手	ウェストミンスター高等学校
15	アレックス・キリロフ	ミネソタ・ツインズ	外野手	プラム高等学校
16	マット・サイス	ロサンゼルス・エンゼルス	捕手	バージニア大学
17	フォレスト・ウィットリー	ヒューストン・アストロズ	投手	アラモ・ヘイツ高等学校
18	ブレイク・ラザーフォード	ニューヨーク・ヤンキース	外野手	シャミナード・カレッジ・プレパラトリー・スクール
19	ジャスティン・ダン	ニューヨーク・メッツ	投手	ボストンカレッジ
20	ギャビン・ラックス	ロサンゼルス・ドジャース	遊撃手	インディアン・トレイル・アカデミー
21	T.J.ゾイク	トロント・ブルージェイズ	投手	ピッツバーグ大学
22	ウィル・クレイグ	ピッツバーグ・パイレーツ	三塁手	ウェイクフォレスト大学
23	デルビン・ペレス	セントルイス・カージナルス	遊撃手	インターナショナル・ベースボール・アカデミー

補償ラウンド

順位	選手	チーム	守備位置	学校
24	ハドソン・サンチェス^{[注釈 1]}	サンディエゴ・パドレス	遊撃手	キャロル・シニア高等学校
25	エリック・ラウアー^{[注釈 2]}	サンディエゴ・パドレス	投手	ケント州立大学
26	ザック・バーディ^{[注釈 3]}	シカゴ・ホワイトソックス	投手	ルイビル大学
27	コディ・セドロック^{[注釈 4]}	ボルチモア・オリオールズ	投手	イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校
28	カーター・キーブーム^{[注釈 5]}	ワシントン・ナショナルズ	遊撃手	ウォルトン高等学校
29	デーン・ダニング^{[注釈 6]}	ワシントン・ナショナルズ	投手	フロリダ大学
30	コール・レイガンズ^{[注釈 7]}	テキサス・レンジャーズ	投手	ノース・フロリダ・クリスチャン高等学校
31	アンソニー・ケイ^{[注釈 8]}	ニューヨーク・メッツ	投手	コネチカット大学
32	ウィル・スミス^{[注釈 9]}	ロサンゼルス・ドジャース	捕手	ルイビル大学
33	ディラン・カールソン^{[注釈 10]}	セントルイス・カージナルス	外野手	エルク・グローブ高
34	ダコタ・ハドソン^{[注釈 11]}	セントルイス・カージナルス	投手	ミシシッピ州立大学

戦力均衡ラウンドA

順位	選手	チーム	守備位置	学校
35	テイラー・トランメル	シンシナティ・レッズ	外野手	マウント・パラン・クリスチャン・スクール
36	ジョーダン・シェフィールド^{[注釈 12]}	ロサンゼルス・ドジャース	投手	ヴァンダービルト大学
37	ドールトン・ジェフリーズ	オークランド・アスレチックス	投手	カリフォルニア大学バークレー校
38	ロバート・タイラー	コロラド・ロッキーズ	投手	ジョージア大学
39	アンファニー・グリアー	アリゾナ・ダイヤモンドバックス	外野手	オーバーン大学
40	ジョーイ・ウェンツ^{[注釈 13]}	アトランタ・ブレーブス	投手	ショーニー・ミッション・イースト高等学校
41	ニック・ロドロ	ピッツバーグ・パイレーツ	投手	ダミアン高等学校

*は未契約

2巡目指名

順位	選手	チーム	守備位置	学校
42	ケビン・ガウディ	フィラデルフィア・フィリーズ	1 投手	サンタ・バーバラ高校
43	クリス・オーキー	シンシナティ・レッズ	2 捕手	クレムゾン大学
44	カイル・マラー	アトランタ・ブレーブス	1 投手	ジーサイット・カレッジ・プレップ高校
45	ベン・ボウデン	コロラド・ロッキーズ	1 投手	ヴァンダービルト大学
46	ルーカス・アーセグ	ミルウォーキー・ブルワーズ	5 三塁手	メンロー大学
47	ローガン・ショア	オークランド・アスレチックス	1 投手	フロリダ大学
48	バディ・リード	サンディエゴ・パドレス	7 外野手	フロリダ大学
49	アレク・ハンセン	シカゴ・ホワイトソックス	1 投手	オクラホマ大学
50	ジョー・リゾ	シアトル・マリナーズ	5 三塁手	オークトン高校
51	C.J.チャタム	ボストン・レッドソックス	6 遊撃手	フロリダ・アトランティック大学
52	アンディ・ヤージー	アリゾナ・ダイヤモンドバックス	2 捕手	ヨーク・ミルズ・カレッジエイト・インスティテュート
53	ライアン・ボルト	タンパベイ・レイズ	7 外野手	ネブラスカ大学リンカーン校
54	キーガン・アキン	ボルチモア・オリオールズ	1 投手	西ミシガン大学
55	ノーラン・ジョーンズ	クリーブランド・インディアンス	5 三塁手	ホーリー・ゴースト・プレップ高校
56	ベン・ロートベット	ミネソタ・ツインズ	2 捕手	ベローナ高校
57	J.B.ウッドマン^{[注釈 14]}	トロント・ブルージェイズ	7 外野手	ミシシッピ大学
58	シェルドン・ノイジー	ワシントン・ナショナルズ	5 三塁手	オクラホマ大学
59	ブライアン・レイノルズ	サンフランシスコ・ジャイアンツ	7 外野手	ヴァンダービルト大学
60	ブランドン・マーシュ	ロサンゼルス・エンゼルス	7 外野手	ブフォード高校
61	ロニー・ドーソン	ヒューストン・アストロズ	7 外野手	オハイオ州立大学
62	ニック・ソラック	ニューヨーク・ヤンキース	4 二塁手	ルイビル大学
63	アレックス・スピース	テキサス・レンジャーズ	1 投手	マッキーチャン高校
64	ピート・アロンソ	ニューヨーク・メッツ	3 一塁手	フロリダ大学
65	ミッチ・ホワイト	ロサンゼルス・ドジャース	1 投手	サンタクララ大学
66	ボー・ビシェット	トロント・ブルージェイズ	6 遊撃手	レイクウッド高校
67	A.J.パケット	カンザスシティ・ロイヤルズ	1 投手	ペパーダイン大学
68	トラビス・マグレガー	ピッツバーグ・パイレーツ	1 投手	イーストレイク高校
69	マシアス・デイツ^{[注釈 15]}	ボルチモア・オリオールズ	1 投手	ジョン・A・ローガン大学
70	コナー・ジョーンズ	セントルイス・カージナルス	1 投手	バージニア大学
71	レジー・ローソン	サンディエゴ・パドレス	1 投手	ビクターバレー高校
72	ローガン・アイス	クリーブランド・インディアンス	2 捕手	オレゴン州立大学
73	ホセ・ミランダ	ミネソタ・ツインズ	6 遊撃手	リーダーシップ・クリスチャン・アカデミー
74	アキル・バドゥー^{[注釈 16]}	ミネソタ・ツインズ	7 外野手	セイラム高校
75	マリオ・フェリシアーノ	ミルウォーキー・ブルワーズ	2 捕手	カルロス・ベルトラン・ベースボール・アカデミー
76	ブレット・カンバーランド	アトランタ・ブレーブス	2 捕手	カリフォルニア大学バークレー校
77	ジェイク・フレイリー	タンパベイ・レイズ	7 外野手	ルイジアナ州立大学

その他注目選手

巡目	順位	選手	チ｜ム	守備位置	学校
3	83	ショーン・マーフィー	オークランド・アスレチックス	2 捕手	ライト州立大学
3	86	アレックス・コール	シカゴ・ホワイトソックス	1 外野手	ボールステイト大学
3	91	オースティン・ヘイズ	ボルチモア・オリオールズ	7 外野手	ボールステイト大学
3	102	ザック・ジャクソン	トロント・ブルージェイズ	1 投手	アーカンソー大学
3	106	ザック・ガレン	セントルイス・カージナルス	1 投手	ノースカロライナ大学チャペルヒル校
4	111	コービン・バーンズ	ミルウォーキー・ブルワーズ	1 投手	セントメリーズ大学カリフォルニア校
4	122	シェーン・ビーバー	クリーブランド・インディアンス	1 投手	カリフォルニア大学サンタバーバラ校
7	221	ルーク・ラリー	ロサンゼルス・ドジャース	7 外野手	レイク・エリー・カレッジ
9	281	トニー・ゴンソリン	ロサンゼルス・ドジャース	1 投手	セントメリーズカレッジ・オブ・カリフォルニア
10	298	サンティアゴ・エスピナル	シンシナティ・レッズ	5 三塁手	マイアミ・デイド大学
10	302	サマド・テイラー	クリーブランド・インディアンス	4 二塁手	コロナ高等学校
15	445	ジョン・シュライバー	デトロイト・タイガース	1 投手	ノースウェスタン・オハイオ大学
18	531	クーパー・ハメル	ミルウォーキー・ブルワーズ	7 外野手	ポートランド大学