Dopo questo soggiorno e un viaggio in Italia, si stabilì nuovamente a Strasburgo, ma, minacciato dalla diffusione della Riforma protestante, andò in esilio a Lucerna in Svizzera nel 1526. Nel 1533 divenne curato a Oberehnheim, dove morì nel 1537, o, secondo alcuni resoconti, nel 1536.
Nelle sue satire, dallo stile fantasioso e arguto, vicino alla parlata popolare e ricco di allegorie e di metafore, Murner propugnò la necessità di una riforma della Chiesa cattolica e attaccò Martin Lutero e il Protestantesimo. La sua satira più potente - la più virulenta satira tedesca del periodo - è il Von dem grossen Lutherischen Narren wie ihn Doctor Murner beschworen hat (Il gran pazzo luterano, 1522), poemetto antiluterano considerato un capolavoro della satira cattolica.[3] Scrisse anche Die Narrenbeschwörung (1512); Die Schelmenzunft (1512); Die Gäuchmatt (1519), e una traduzione dell'Eneide di Virgilio (1515) dedicata all'imperatore Massimiliano I. Murner scrisse anche il Chartiludium logicae, compendio delle Summulae Logicales di Pietro Ispano[4] (in cui utilizzava il gioco di carte didattico che aveva inventato per i suoi studenti nel 1507 a Cracovia, per cui fu accusato di eresia dall'università), e il Ludus studentum Friburgensium (1511), oltre a una traduzione delle Institutiones di Giustiniano (1519).
Le satire di Murner furono edite negli anni 1840 da Johann Scheible.
Opere
Invectiva contra Astrologos, 1499
Germania Nova", 1502
Chartiludium logicae, 1507
De quattuor heresiarchis, 1509 / "Von den vier Ketzern, 1509
Instituten ein wahrer Ursprung und Fundament des kaiserlichen Rechtens",1519
Doktor Murners Narrenbeschwörung, 1512
Der Schelmen Zunft, 1512
Ein andächtig geistliche Badenfahrt 1514, 1515
Die Mühle von Schwindelsheim, 1515
Die Geuchmatt", 1519
Eine christliche und brüderliche Ermahnung, 1520
An den großmächtigsten Adel deutscher Nation, 1520
Von dem großen Lutherischen Narren, 1522
Ob der König von England ein Lügner sei oder der Luther, 1522