Poco dopo il suo ritiro dall'attività agonistica, ha iniziato ad allenare diverse squadre argentine. Dopo essere stato alla guida dell'Argentinos Juniors, che ha portato alla qualificazione per la Copa Sudamericana 2008, primo torneo internazionale del club dopo dodici anni, ha rimpiazzato Diego Simeone come allenatore del River Plate. Il 6 ottobre 2009 viene esonerato e sostituito con Leonardo Astrada.
Agli inizi del 2010 viene nominato allenatore dello Xerez, squadra neopromossa nella Liga che si trovava staccata all'ultimo posto in classifica, al posto di José Ángel Ziganda. Una serie di ottimi risultati nel girone di ritorno non bastano però all'allenatore argentino per salvare la stagione e il club andaluso retrocede all'ultima giornata, nonostante gli elogi da parte di avversari e stampa. A fine stagione lascia per alcuni disaccordi sul rinnovo del contratto.