Il Modena iniziò la stagione 1948-1949 con l'obiettivo di confermare, e migliorare, i risultati ottenuti nei due anni precedenti (terzo e quinto posto in campionato). Tuttavia i canarini non riuscirono a ripetere le prestazioni degli ultimi anni, e a causa di un rendimento pessimo (la squadra vinse due volte nelle prime dieci giornate) si ritrovarono subito nei bassifondi della classifica. La colpa di tali risultati fu imputata al cambio di gioco: dal metodo la squadra tentò di passare al sistema ma ne pagò le pesanti conseguenze.
A marzo del 1949, dopo la gara pareggiata 2-2 contro la Juventus, Mazzoni fu coadiuvato da Giuseppe Girani, ed assieme guidarono la squadra fino al termine del campionato. Intanto però i problemi a livello societario si fecero sempre più pesanti, e culminarono nelle dimissioni del presidente. Mazzoni e Girani non riuscirono a condurre il Modena alla salvezza e i gialloblù retrocedettero matematicamente all'ultima giornata, chiudendo il campionato al penultimo posto con tre punti in più del Livorno.