La madre organizzò il matrimonio con il suo primo cugino materno Ludovico, principe ereditario di Parma, di cinque anni più giovane. Ma il principe preferiva sua sorella minore, Maria Luisa, che era di carattere più allegro e un po' più bella. I genitori accettarono l'inaspettato cambio di spose, ma divenne per loro urgente trovare un marito per la triste e disprezzata Maria Amalia. Poiché era la maggiore delle due sorelle, sarebbe stato umiliante che sua sorella minore non solo avrebbe sposato il suo precedente fidanzato, ma che si sarebbe sposata per prima.
Matrimonio e morte
Trovare per Maria Amalia un nuovo sposo di rango regale in così poco tempo non fu cosa facile. Così i suoi genitori decisero di farla sposare a suo zio paterno, Antonio Pasquale, infante di Spagna, di ventiquattro anni più vecchio.
Sposò suo zio il 25 agosto 1795 al Palazzo Reale della Granja. Era stato un doppio matrimonio. Allo stesso tempo sua sorella Maria Luisa sposò Ludovico. Le due coppie continuarono a vivere alla corte reale spagnola.
Nell'autunno del 1797, rimase incinta del suo primo figlio. Il 20 luglio 1798 entrò in travaglio. Il parto fu complicato: il bambino era rimasto incastrato per le spalle nel canale del parto e i medici non erano stati in grado di estrarlo. Dopo due giorni, finalmente era intervenuto il chirurgo. A quel punto il bambino, un maschio, era morto. Mentre suo figlio fu sepolto a El Escorial, soffrì in agonia. Aveva contratto un'infezione durante il travaglio, e morì il 22 luglio 1798, a soli 19 anni.