Con decreto ministeriale del 2013 l'Istituto è stato disattivato e incorporato nella Scuola Normale Superiore di Pisa[1]. Con le modifiche statutarie intervenute in seguito, dal 24 ottobre 2014 sopravvive come struttura accademica della Scuola Normale, con il nome di Istituto di Scienze Umane e Sociali.
Vicende giudiziarie e fusione con la Scuola normale di Pisa
A partire dal 2009 l'Istituto è stato oggetto di un'inchiesta della Guardia di Finanza che ha portato nel 2011 all'iscrizione nel registro degli indagati di vari docenti (tra i quali Aldo Schiavone e Mario Citroni) e dirigenti amministrativi dell'Istituto, per l'ipotesi di reato di peculato, abuso d'ufficio, truffa aggravata e uso dissennato di denaro pubblico: l'accusa, in particolare, ha contestato lo sperpero di denaro pubblico per cene e viaggi non legati all'attività dell'Istituto e gravi irregolarità nelle procedure concorsuali.[2][3][4][5][6][7]
Dal 2013, l'Istituto italiano di scienze umane è stato disattivato per essere incorporato nella Scuola Normale Superiore di Pisa, a seguito di decreto del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca dell'8 agosto 2013, con cui si approvavano due accordi di programma concordati tra i due enti nel 2012 e 2013: l'organismo nato dalla fusione ha assunto, di conseguenza, la denominazione di Scuola Normale Superiore[1]. Dal 24 ottobre 2014, l'adeguamento statutario del nuovo organismo ne ha previsto la permanenza con lo status di struttura accademica della Scuola Normale Superiore, con il nome di Istituto di Scienze Umane e Sociali, che si affianca alle due Classi accademiche, umanistica e scientifica, che costituiscono la tradizionale suddivisione della Normale.