Borja ha cominciato la carriera professionistica nell'El Nacional di Quito. Borja è riuscito a diventare capocannoniere di Coppa Libertadores 2006[1] mantenendo il primo posto per due mesi nonostante il suo trasferimento all'Olympiakos, senza che nessuno nel frattempo riuscisse a superarlo. Con il trasferimento ai campioni greci in carica dell'Olympiakos è diventato il primo ecuadoriano a giocare nel campionato greco.
Per la stagione 2007-2008 è stato ceduto in prestito al Magonza, squadra tedesca di 2. Bundesliga, con diritto di riscatto.
Borja ha fatto parte della Nazionale ecuadoriana ai Mondiali 2006, nonostante la relativa inesperienza. Dopo aver disputato diverse gare nel girone di qualificazione, ha avuto solo una presenza nella fase finale, precisamente nella terza gara del girone, quella contro la Germania, persa 3-0.
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