Nata e allevata da cattolica, Eugenia crebbe nel Palais Leuchtenberg sulla Ludwigstraße a Monaco di Baviera e spesso trascorreva i mesi estivi con i suoi genitori al castello di Eugensberg, un castello fatto costruire sul Lago di Costanza (in quella che oggi è Salenstein) da suo padre. L'atteggiamento della famiglia era principesco in ogni aspetto - l'inviato francese Coulomb scrisse nel 1822: "Il Principe Eugène de Beauharnais vive in modo più lussuoso rispetto alla corte [di Napoleone]". Il loro Palazzo a Monaco di Baviera era stato costruito dal famoso architetto bavarese Leo von Klenze per oltre 2 milioni di fiorini. Oltre al palazzo a Monaco di Baviera e al castello di Eugensberg, la famiglia aveva residenze a Eichstätt e Ismaning. Alla morte del padre nel 1824, Eugenia ereditò il castello di Eugensberg.
Eugenia vendette poi il castello di Eugensberg per 32 000 fiorini a Heinrich von Kiesow di Augusta.[2] Il ricavato di tale vendita finanziò la ricostruzione di Villa Eugenia a Hechingen, dove la coppia prese residenza nel 1834. Nella parte sud del parco della villa, acquistò il Gasthaus Zur Silberburg e nel 1844 lo ricostruì come un'altra villa. Anche i giardini circostanti furono acquistati e trasformati in paesaggio all'inglese, ora noto come il Fürstengarten.
Fra gli ospiti famosi della coppia ad Hechingen si contavano suo cugino Napoleone III, Hector Berlioz e Franz Liszt. La Hofkapelle aveva un buon coro e dal 1843 la Villa ospitò concerti domenicali dei membri della Museumsgesellschaft (Associazione del Museo) e del Musikverein (Società della Musica).
Rimasta senza figli trovò un crescente conforto nella devozione, istituendo una casa per anziani ad Hechingen e (nel 1839) un grande Kinderbewahranstalt per la città (l'edificio che ospitava la seconda contiene un busto di lei ed è ora l'Amtsgericht). Quest'ultimo fu fondato per quei bambini i cui genitori "erano spesso ostacolati dalle difficoltà economiche o domestiche, a casa o nei campi, nell'educare i propri figli piccoli".
Curò suo suocero Federico per quattro anni, mortalmente malato per le ferite di guerra, che morì nel 1838 al castello di Lindich. Ogni giovedì santo, Eugenia e suo marito lavavano i piedi a dodici persone anziane e bisognose locali e poi li invitavano a un Apostelmahl o ultima cena nel Billardhäuschen nel Fürstengarten.
Ultimi anni e morte
Eugenia si ammalò di tubercolosi e nell'inverno del 1846 si trasferì nella cosiddetta Hofküche direttamente dietro Villa Eugenia, poiché la Hofküche poteva essere meglio riscaldata. I suoi medici le diedero cure bizzarre, inclusa l'inalazione di fumi di sterco di vacca e la combustione di canna di moxa sul petto. A causa del rischio di contagio della malattia, poteva vedere suo marito soltanto raramente, e persino a distanza. Nell'estate 1847 partì per tentare una cura alle terme di Badenweiler ma nel viaggio di ritorno morì all'Hotel Post a Freudenstadt il 1º settembre 1847. Fu sepolta nella cripta davanti all'altare maggiore della chiesa abbaziale di Hechingen. Il suo cuore fu conservato in una tazza, in una nicchia all'ingresso principale della chiesa abbaziale. Nel suo testamento lasciò la sua fortuna di 273.000 fiorini in beneficenza.