Con la riconquista nel 1528 da parte di Andrea Doria, allora filoasburgico, di Genova, la Repubblica riacquistò la sua indipendenza e la sua autonomia decisionale.
Venne quindi delegata a "XII riformatori" la stesura di una nuova costituzione e con essa la città assunse i caratteri di una repubblica "aristocratica", cambiando anche il nome ufficiale. Non più Compagna Communis, ma Repubblica di Genova. Per fare parte del governo, divenne necessario essere iscritti a un Albergo dei Nobili. Gli Alberghi erano da secoli un'istituzione basilare nella vita cittadina.
Anche la nomina della massima carica dello stato venne riformata: abolita la formula del mandato "a vita", ora il doge veniva eletto su votazione e con un mandato massimo di due anni; quest'ultimo era inoltre assistito da dodici senatori e otto procuratori. Insieme, doge e consiglieri (rinnovabili per un quarto ogni semestre) formavano la Signoria. Al termine del mandato, su votazione favorevole dei cinque sindacatori (organo incaricato al controllo e valutazione dell'operato dogale), l'ex doge poteva concorrere alla carica di procuratore perpetuo. Un'ulteriore riforma, nel 1576, adottò per la nomina dogale un sistema di elezione basato su di un doppio sorteggio.
Alcuni periodi dei diversi dogati sono sovrapposti: ciò è dovuto al fatto che un doge poteva venire eletto in concomitanza con gli ultimi giorni del mandato del suo predecessore. Questo sistema di elezione - la quinta e ultima fase dell'autonomo governo repubblicano genovese - rimase pressoché inalterato fino al 1797, anno che diede il via alla dominazione francese di Napoleone Bonaparte e che portò alla soppressione della Repubblica di Genova per l'istituzione della Repubblica Ligure, quest'ultima annessa al Primo Impero francese dal 1805 al 1814.