La diocesi comprende parte della Renania-Palatinato e dell'Assia, nonché la località di Bad Wimpfen nel Baden-Württemberg. È costituita da due entità geografiche distinte e non contigue tra loro: questa peculiarità è dovuta alla costituzione dell'odierna diocesi, nata nel 1821 e corrispondente al territorio dell'allora granducato d'Assia oggi non più esistente.
La tradizione leggendaria attribuisce la fondazione della Chiesa di Magonza a san Crescente, inviato ad evangelizzare la regione dall'apostolo san Pietro nel I secolo. Il primo vescovo conosciuto appare solamente nella prima metà del IV secolo: negli atti dello pseudo concilio di Colonia del 346 figura il nome di Martinus Mogontiacensium.
La sede acquisì importanza e prestigio nell'VIII secolo grazie all'opera di san Bonifacio e del suo successore san Lullo, primi che si fregiarono del titolo di arcivescovo; è in quest'epoca che si definisce il territorio diocesano, che si estese anche sulla riva destra del fiume Reno. Da Magonza e da Colonia partivano i missionari per l'evangelizzazione della Germania.
A partire dall'epoca ottoniana (X secolo), gli arcivescovi di Magonza acquisirono poteri comitali che li resero i più importanti principi vescovi del Sacro Romano Impero. Tra i primi principi dell'Impero si distinse l'arcivescovo Willigis, che divenne anche arcicancelliere dell'Impero e diede inizio alla costruzione della nuova cattedrale nel 975.
Il principato arcivescovile era costituito dai seguenti territori:
il distretto di Magonza con Kastel, Kronberg nel Taunus, Bingen, Lahnstein e Steinheim;
Dal 1257 l'arcivescovo di Magonza, già primate della Germania e legatus natus del papa per i territori imperiali[2], fu ufficialmente riconosciuto arcicancelliere dell'Impero e presidente-decano della Dieta imperiale (Reichstag) e primo Grande Elettore. Tale situazione venne sancita definitivamente dalla Bolla d'oro del 25 dicembre 1356 (Erzbischof von Mainz und des Heiligen Römischen Reichs Erzkanzler für Germanien und Chur-Furst). Come decano degli Elettori presiedeva anche il "Consiglio aulico dell'Impero" (Reichshofrat) e fino al 1343 incoronava personalmente il nuovo imperatore eletto. Come presidente della Dieta poteva convocare il Collegio elettorale, aprendone i lavori e concedendo l'apertura delle votazioni cominciando dagli elettori di Treviri e di Colonia; esaminava e legittimava le lettere credenziali dei deputati plenipotenziari inviati dai vari principi alle votazioni. Dal 10 giugno 1630 per decreto di papa Urbano VIII ricevette il trattamento di eminenza e gli viene riconosciuto il rango reale, più o meno contestato dagli altri sovrani europei. Il potere di questo titolo, che non aveva giurisdizione politica, ricopriva però un ruolo fondamentale nei rapporti con la Chiesa in quanto rendeva l'arcivescovo il primo referente del papa in Germania.
Nel XVI secolo, con l'affermarsi della riforma protestante, l'arcidiocesi perse molte parrocchie, soprattutto nel nord e nel Palatinato, passate alla nuova confessione religiosa. Contestualmente, la provincia ecclesiastica perse le diocesi di Halberstadt e di Verden, che furono soppresse, per il passaggio pressoché totale dei fedeli alla chiesa evangelica.
La rivoluzione francese, con le sue conseguenze, pose fine al principato ecclesiastico e modificò sostanzialmente il territorio dell'arcidiocesi. Nel 1792 le truppe francesi occuparono i territori dell'arcidiocesi fino al fiume Reno, mentre l'arcivescovo Friedrich Karl Josef von Erthal fuggiva assieme al capitolo della cattedrale a Aschaffenburg sulla riva destra del fiume. Con il trattato di Campoformio (1797) l'arcidiocesi si trovò divisa fra due Stati, la Francia, che occupava i territori situati sulla riva sinistra del Reno, e l'Impero, che deteneva i territori sulla riva destra.
Il 29 novembre 1801 in forza della bollaQui Christi Domini di papa Pio VII, nel territorio francese fu eretta una nuova circoscrizione ecclesiastica magontina, corrispondente al dipartimento, oggi non più esistente, di Mont-Tonnerre. Con la bolla papale, l'antica arcidiocesi fu ridotta al rango di diocesi, suffraganea dell'arcidiocesi di Malines, e comprendeva parti delle antiche sedi di Magonza, di Worms e di Spira (con le rispettive città episcopali), e di Metz. Per questa sede fu eletto il vescovo Joseph Ludwig Colmar.
La restante parte dell'antica arcidiocesi e del principato ecclesiastico, sulla riva destra del Reno, subì la seguente evoluzione: il principato fu secolarizzato in seguito al Reichsdeputationshauptschluss del 1803, ed il suo territorio scorporato fra le varie entità politiche tedesche circostanti; la parte della diocesi rimasta in territorio tedesco, in virtù della bolla In universalis Ecclesiae del 1º febbraio 1805, fu data in amministrazione a Karl Theodor von Dalberg, arcivescovo di Ratisbona, già arcivescovo coadiutore della stessa Magonza.
Il congresso di Vienna e altri trattati successivi modificarono nuovamente la geografia ecclesiastica della regione. Il 16 agosto 1821 Pio VII emanò la bolla Provida solersque, con la quale sopprimeva tutte le giurisdizioni ecclesiastiche precedenti e stabiliva nuove arcidiocesi e diocesi in alcuni Stati della Confederazione germanica nel sud-ovest della Germania. La nuova diocesi di Magonza venne fatta coincidere con il territorio del Granducato d'Assia entrando al contempo a far parte della provincia ecclesiastica dell'arcidiocesi di Friburgo in Brisgovia.
In virtù della bolla Ad dominici gregis custodiam dell'11 aprile 1827,[3] il capitolo dei canonici della cattedrale gode del diritto di eleggere i propri vescovi, che in seguito ricevono la nomina formale e canonica della Santa Sede.
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.
Il più antico catalogo dei vescovi di Magonza risale agli inizi del X secolo e si conclude con il vescovo Erigero: in questo catalogo sono 11 i vescovi che precedono san Bonifacio. Cataloghi successivi (una decina circa anteriori al XIV secolo) allungano a dismisura la serie dei vescovi per rendere ancora più antica la Chiesa di Magonza; Gallia christiana, sulla scia di questi cataloghi, elenca 41 vescovi prima di san Bonifacio.[4]
La diocesi nel 2021 su una popolazione di 3.012.753 persone contava 726.130 battezzati, corrispondenti al 24,1% del totale. Geograficamente, la proporzione dei cattolici varia considerevolmente: nella città di Magonza sono circa metà della popolazione, mentre nella parte settentrionale della diocesi sono una piccola minoranza.
^Queste prerogative contribuirono ad attribuire alla sede di Magonza (unico caso nella Chiesa cattolica oltre a Roma) il titolo di "Santa Sede", sebbene questo titolo sia diventato oggi meno comune.
^Alcuni di questi nomi riportati da Gallia christiana si riferiscono in realtà a varianti medievali del medesimo nome; altri nomi sono ripetizioni di nomi di vescovi realmente esistiti, ma in epoche successive a quelle indicate. Gams mette in dubbio questa serie episcopale, per lo più leggendaria.
^Prima di Martino, secondo con questo nome nella cronotassi, Gallia christiana inserisce questi 18 vescovi: san Crescente, san Marino, san Crescenzio, san Ciriaco, sant'Ilario, beato Martino I, san Celso, san Lucio, san Gottardo, Sofronio, sant'Erigero I, san Rutero, sant'Avito, sant'Ignazio, Dionigi, Rutberto, sant'Adelardo, san Lucio II Anneo. Alcuni di questi nomi sono di origine germanica, e per Louis Duchesne sono anacronistici nell'impero romano del II o III secolo.
^Il più antico catalogo episcopale di Magonza, inizia la sua serie episcopale con Aureo, omettendo il vescovo precedente Martino. Un'antica tradizione riferisce che Aureo morì durante la distruzione di Magonza da parte degli Unni di Attila nel 451. Ammiano Marcellino e San Girolamo riferiscono di altre distruzioni della città nel 368 e nel 407; secondo Duchesne, nulla vieta di attribuire a queste date il decesso di Aureo. Prima di Aureo, Gallia christiana inserisce i vescovi Sidonio I, Sigismondo, Lupoldo, Nicezio e Mariano; dopo Aureo riporta i nomi dei vescovi Eutropio, Adalberto, Raterio, Adelbaldo, Sigeberto, Lautfrido e Rutardo.
^Presente nell'antico catalogo, ma ignoto a Gallia christiana.
^Corrisponde a Sidonio II nella cronotassi di Gallia christiana. Di Sidonio parla Venanzio Fortunato, secondo il quale il vescovo avrebbe ricostruito molte chiese ed altri edifici. Secondo Duchesne, questo accenno di Fortunato potrebbe far riferimento alla ricostruzione della città dopo il periodo delle invasioni e dunque anche al ristabilimento della sede episcopale dopo una lunga vacanza.
^Assente nel più antico catalogo episcopale; inserito da Duchesne, che identifica Momociacus di cui parla Gregorio di Tours con il nome latino di Magonza (Moguntiacus).
^Duchesne identifica il Sigismundus Momociacus di cui parla Gregorio di Tours con il Sigismondo menzionato nel più antico catalogo moguntino. Gallia christiana inserisce Sigismondo prima di Aureo, e dopo Sidonio menziona un vescovo di nome Vilberto.
^Prima di Lanvaldo, Gallia christiana menziona un vescovo Rutelmo.
^Menzionato nella passio di san Bonifacio come predecessore di Geroldo.
