Dopo aver concluso gli studi in Australia, a Sydney, presso il Conservatorio del Nuovo Galles del Sud e nel 1943 inizia come secondo oboe nella Sydney Symphony Orchestra diventando primo oboe l'anno successivo.
Nel 1947 suona l'oboe e il corno inglese al Sadler's Wells Theatre di Londra.
Successivamente dopo aver vinto il British Council si è perfeziononato, presso l'Accademia di Praga (1947), con Václav Talich, dal quale ha ereditato un profondo amore per la musica ceca.
Ha diretto le prime inglesi delle opere di Leoš Janáček.
Dal 1948 al 1954 dirige al Teatro Sadler's Welles di Londra ben diciannove opere, fra cui nel 1951 la prima per la Gran Bretagna (in forma scenica) di Káťa Kabanová e del suo balletto Pineapple Poll con la coreografia di John Cranko.
Successivamente inizia a estendere la sua attività in molti paesi d'Europa e d'America, rimanendo però legato alle varie istituzioni londinesi.
Dal 1954 al 1956 è stato il direttore principale dell'Orchestra della BBC.
Nel 1955 dirige la sua The Lady and the Fool al Royal Opera House di Londra e nel 1956 dirige la prima assoluta di Ruth di Lennox Berkeley a Londra.
Ancora nel 1964 al Sadler's Wells Theatre dirige Věc Makropulos e la prima esecuzione assoluta nelle Assembly Rooms di Norwich di "The Five Ages of Man" di Thea Musgrave.
Nel 1965 dirige L'affaire Makropoulos (Vec Makropulos) al Théâtre de la Ville di Parigi, Z mrtvého domu (From the House of the Dead) di Janacek al Sadler's Wells Theatre e Peter Grimes (Britten) al Grand Théâtre di Ginevra.
Chopin: Piano Concerto No. 1; Grande Valse Brillante; Variations On la Ci Darem la Mano - Catherine Mackintosh/Emanuel Ax/Orchestra of the Age of Enlightenment/Sir Charles Mackerras, 1999 Sony/BMG
Delibes/Messager/Gounod: Ballet Music - Sir Charles Mackerras, 1988 EMI/Warner
Delius: Orchestral Works - Orchestra of the Welsh National Opera/Sir Charles Mackerras, 1990 Decca
Donizetti: Lucia di Lammermoor - London Voices/Andrea Rost/Sir Charles Mackerras/Angela Moore/Alastair Miles/The Hanover Band, 1998 Sony/BMG
Mozart: The Magic Flute - Scottish Chamber Orchestra/Sir Charles Mackerras, 1991 Telarc
Mozart: Marriage of Figaro - Scottish Chamber Orchestra/Sir Charles Mackerras, 1995 Telarc
Mozart: La Clemenza di Tito - Hillevi Martinpelto/Magdalena Kožená/Rainer Trost/Scottish Chamber Orchestra/Sir Charles Mackerras, 2006 Deutsche Grammophon
Mozart: Don Giovanni - Scottish Chamber Orchestra/Sir Charles Mackerras, 1996 Telarc
Mozart: Così Fan Tutte - Scottish Chamber Orchestra/Sir Charles Mackerras, 1994 Telarc
Mozart: Serenade In B-Flat For 13 Winds - Orchestra of St. Luke's/Sir Charles Mackerras, 1994 Telarc
Purcell: Dido and Aeneas; Ode on St. Cecilia's Day - Alexander Young/Barry McDaniel/John Rippon/John Shirley-Quirk/Paul Esswood/Simon Woolf/Sir Charles Mackerras/Tatiana Troyanos, 2005 Deutsche Grammophon
Rimsky-Korsakov: Scheherazade - Capriccio Espagnol - London Symphony Orchestra/Sir Charles Mackerras, 1990 Telarc
Scarlatti, Stabat Mater - Freni/Berganza/Mackerras, Archiv Produktion
Schubert: Symphonies No. 5, 8 & 9 - Sir Charles Mackerras, 2000 Erato
Sibelius: Symphony No. 2; The Swan of Tuonela - London Symphony Orchestra/Sir Charles Mackerras, 2005 LSO
De Niese: The Mozart Album - Danielle de Niese/Orchestra of the Age of Enlightenment/Sir Charles Mackerras, 2009 Decca
Fleming, Arie da opere it. e francesi - Mackerras/LPO, 1999 Decca
Fleming: Mozart Arias - Renée Fleming/Sir Charles Mackerras/The Orchestra Of St. Luke's, 1996 Decca
Terfel: Tutto Mozart! - Bryn Terfel/Scottish Chamber Orchestra/Sir Charles Mackerras, 2006 Deutsche Grammophon
Endless Pleasure - Ruth Ann Swenson/Hancock William Carter/Elizabeth Kenny/Sir Charles Mackerras/Orchestra of The Age of Enlightenment/Susan Sheppard/John Toll, 2003 Angel/EMI
DVD & BLU-RAY parziale
Britten, Billy Budd - Mackerras/Glossop/Pears/LSO, 1966 Decca
Delius, A village Romeo and Juliet - Mackerras/ORF SO, 1992 Decca