Nella stagione 1998-1999 la Meissnitzer raggiunse l'apice della carriera. Ai Mondiali di Vail/Beaver Creek 1999 s'impose come una dei protagonisti, vincendo due medaglie d'oro nel supergigante e nello slalom gigante e classificandosi 4ª nella discesa libera; in Coppa del Mondo ottenne tredici podi, con otto vittorie, e vinse sia la classifica generale con 493 punti di vantaggio sulla seconda classificata, la tedesca Hilde Gerg, sia quelle di supergigante (superando la connazionale Michaela Dorfmeister di 86 punti) e di slalom gigante (con 16 punti in più della compagna di squadraAnita Wachter), mentre nella Coppa del Mondo di discesa libera si classificò 2ª con 142 punti di distacco da un'altra austriaca, Renate Götschl.
Ai Mondiali di Sankt Moritz 2003 vinse la sua ultima medaglia iridata, l'argento nella discesa libera; si classificò inoltre 5ª nel supergigante, mentre non terminò lo slalom gigante. Due anni dopo, nella rassegna iridata di Bormio/Santa Caterina Valfurva, fu 22ª nella discesa libera e non terminò il supergigante.
Ai suoi ultimi Mondiali, Åre 2007, piazzò 8ª nel supergigante. L'8 dicembre dello stesso anno s'infortunò nuovamente nella discesa libera di Aspen a causa di una rovinosa caduta dovuta alla forte nevicata in atto[1]. Tornata alle gare dopo un mese, riuscì a conquistare alcuni buoni piazzamenti durante la stagione, tra cui il podio (3º posto) nel supergigante durante le finali di Bormio. Con questo risultato, conquistato il 13 marzo, chiuse la sua carriera.
