L'abbazia di San Vittore di Marsiglia è stata fondata nel V secolo da Giovanni Cassiano, nei pressi delle tombe dei martiri, fra i quali si narra vi fosse appunto san Vittore di Marsiglia (morto nel 303 o 304), al quale fu dedicata.L'Abbazia di San Vittore fu interessata dall'eresia del semipelagianesimo. Il monastero subì le incursioni e le distruzioni da parte dei Vichinghi e dei Saraceni nell'838 e nel 923 venne distrutta completamente.
L'abbazia assunse un'importanza considerevole verso l'anno 1000 quando fu ricostruita sotto la regola di San Benedetto e divenne un centro d'influenza per tutta la Provenza. Uno dei suoi abati, Guillaume de Grimoard, fu eletto papa nel 1362 con il nome di Urbano V (sepolto poi in quest'Abbazia). A partire dal XV secolo per l'abbazia incominciò un irrimediabile declino.
^Lista dall'allegato Abbatum massiliensium series ab anno 1005 usque ad annum 1788 all'articolo di Paul Amargier "966 ou 977 - La date d'un millénaire" in Recueil des actes du Congrès sur l'histoire de l'abbaye Saint-Victor de Marseille, 29-30 janvier 1966, Provence historique, éd. La pensé universitaire, Aix-en-Provence, juillet-septembre 1966, pp. 314-321