Eftir að eldri bróðir hans lést í bílslysi árið 1994 var Assad kallaður aftur til Sýrlands til að taka við stöðu ríkisarfa. Þá fór hann í herskóla og sá um hersetu Líbanon árið 1998. Í desember árið 2000 giftist hann konu sinni Asma Assad. Assad var kosinn forseti Sýrlands árin 2000 og 2007, eftir að Sýrlenska alþýðuráðið bauð hann fram tvisvar án mótframbjóðanda. Stjórn Assads var alræðisstjórn. Stjórnin lýsti sjálfri sér sem veraldlegri, en sérfræðingar voru þeirra skoðunar að hún nýtti sér ýfingar milli þjóðarbrota og trúarhópa til að halda valdi sínu.
Í apríl 2014 tilkynnti Assad að hann hygðist bjóða sig fram til forseta í þriðja skiptið. Þetta voru fyrstu forsetakosningarnir í Sýrlandi í áratugi með fleiri en einn frambjóðanda. Bandaríkin og Evrópusambandið lýstu yfir alvarlegum efasemdum um lögmæti kosninganna og áhrif þeirra á friðarviðræður við sýrlensku stjórnarandstöðuna. Þann 16. júlí 2014 sór hann sjö ára embættiseið í þriðja skiptið í forsetahöllinni í Damaskus.
Assad var aftur endurkjörinn til sjö ára kjörtímabils í maí árið 2021. Samkvæmt opinberum tölum hlaut hann 95,1% atkvæða.[1]
Í desember 2024 hóf uppreisnarhópurinn Hayat Tahrir al-Sham óvænta skyndisókn gegn stjórn Assads í norðvesturhluta Sýrlands.[2] Uppreisnarmönnum tókst að leggja undir sig stórborgirnar Aleppó, Homs og Hama á skömmum tíma án verulegrar mótspyrnu frá stjórnarher Assads og hófu síðan umsátur um höfuðborgina Damaskus.[3] Þann 8. desember var Assad flúinn frá Sýrlandi og höfuðborgin fallin í hendur uppreisnarmannanna. Var þar með bundinn endi á stjórn Assad-fjölskyldunnar í Sýrlandi.[4] Assad kom í kjölfarið til Moskvu og hlaut hæli í Rússlandi.[5]