A város Trinidade tartomány északkeleti részén (és egyben az ország északkeleti részén) található, az Ana Chaves-öböl közelében. Guadalupe várostól délkeletre, és Santanától északnyugatra.
Éghajlat
São Tomé trópusi szavanna éghajlattal rendelkezik, az év során egy viszonylag hosszú esős évszak és egy rövid száraz évszak váltja egymást. A nedves évszak októbertőlmájusig tart, a városra évente átlagban csaknem 1000 mm csapadék hullik. A hőmérséklet viszonylag állandó, az átlagos maximum hőmérséklet 30 °C körüli, míg az átlagos minimum hőmérséklet 22 °C.
São Tomét portugálok alapították 1485-ben. A város eredetileg cukornádtermelő város volt. Egy korai épület a város központjában található 16. századikatedrális. Egy másik régi épület a Fort São Sebastião, ami 1575-ben épült. Jelenleg a São Tomé-i Nemzeti Múzeum található benne. 1599-ben 2 napra, majd 1641-ben a város a hollandoké lett.
Lakosság
A városnak 1990-ben 42331, 2000-ben 49997, 2003-ban 53300, 2005-ben 56166 lakosa volt.
Nevezetességei
São Toméban található az elnöki palota; a halász temploma. A városban ezen kívül van még egy mozi, továbbá általános-, és középiskolák, egy rádió-, és egy televízióállomás, egy kórház, és repülőtér.