Filmjeit fanyar humora és kifejező karakterei teszik egyedivé.
Kezdetben Csermák Tiborral, majd Dargay Attilával dolgozott. Úgy emlékezett, hogy az első önálló munkája a Daru cigaretta című reklámfilm volt. A hatvanas évek legelején nevezték ki rendezőnek. Az 1961-ben forgatott Szenvedély című, 8 perces mozi-rövidfilmje nemcsak professzionális előállítása miatt vált nevezetessé, hanem főhőse megformálása miatt is. Ő lett a későbbi Gusztáv figura prototípusa. Később is meghatározó szerepe volt Jankovics Marcell és Dargay Attila mellett a „Gusztáv jelenség” megalkotásában. Gémes Józseffel és Richly Zsolttal is gyakran dolgozott együtt, pl. Gémes József Vili, a veréb című, egész estés filmjének írója, forgatókönyvírója is Nepp József volt. A film 1988-ban készült el, de Nepp József már pár évvel korábban, 1984-ben, mint számára elérhető vágyálomról beszélt: – filmet kéne a verebekről csinálni!
Az 1980-as évek elején kezdte írni a Macskafogó forgatókönyvét, ami először csak egy dzsessz dalhoz készült kis „klip” volt, majd nagy részletességgel kidolgozott, megrajzolt egy teljes történetet. Ternovszky Bélának ajánlotta megrendezésre, de ez csak jóval később sikerült.[5]Dargay AttilaSzaffijának a forgatókönyvét írta és a háttereit is Nepp József tervezte. Az erdő kapitánya című mozifilmjének írója, forgatókönyvírója volt.
Régi barátság fűzte Ternovszky Bélához, akinek Modern edzésmódszerek című rövidfilmjéhez szintén ő írta a forgatókönyvet. A rendező szerint azoknak, akik igazán ismerték és közel álltak hozzá ő csak „Dodi” volt.[5]
Amikor még nem voltam stúdiótag, arról álmodoztam, hogy jobb filmeket fogok csinálni, mint Walt Disney. Miután bekerültem, jobb filmeket szerettem volna csinálni, mint Dargay Attila. Egy kis idő múlva egyszerűen csak meg szerettem volna érni a nyugdíjkorhatárt. Ez utóbbi célomat sikerült elérnem…
Romhányi József: Szamárfül; ill. Nepp József; Móra, Bp., 1983
Doktor Bubó. Képeskönyv; Romhányi József és Nepp József rajzfilmsorozata nyomán írta és rajzolta Rigó Béla, Hernádi Tibor; Pannónia Filmstúdió, Bp., 1985
Szaffi. Képeskönyv Jókai Mór elbeszélése és Dargay Attila rajzfilmje nyomán; Romhányi József és Nepp József párbeszédeit és rajzait felhasználva írta Rigó Béla; Pannónia Filmstúdió, Bp., 1985
Macskafogó; Nepp József, Ternovszky Béla, Maros Zoltán rajzfilmje alapján írta Rigó Béla; Pannónia Film Vállalat, Bp., 1986
Mézga család; Romhányi József és Nepp József rajzfilmsorozatából írta Rigó Béla, rajz Gelléri István; Origo-press, Bp., 1988
A húsvéti tojás; rajz. Dargay Attila; Polygon, Bp., 1991
Nagy Lajos: Képtelen természetrajz; ill. Nepp József; Gulliver, Bp., 1992 (Szamárfüles könyvek)
Vacak, a hetedik testvér; Dargay Attila és Nepp József forgatókönyve alapján írta Fedina Lídia; Magyar Könyvklub, Bp., 1999
Az erdő kapitánya; Dargay Attila, Nepp József, Imre István irod. forgatókönyvéből, ill. Dargay Attila eredeti figuratervei alapján; Egmont, Bp., 2002 (Magyar klasszikus rajzfilmek mesetára)
Szaffi; Dargay Attila, Nepp József, Romhányi József irod. forgatókönyvéből; ill. Dargay Attila eredeti figuratervei alapján; Egmont, Bp., 2002 (Magyar klasszikus rajzfilmek mesetára)
A Mézga család. Képernyőképes krónika; Romhányi József és Nepp József nyomán írta Rigó Béla, ill. Ternovszky Béla, Csákovics Lajos, Weigert Miklós; Móra, Bp., 2003
Mézga Aladár különös kalandjai; Romhányi József és Nepp József nyomán írta Rigó Béla, ill. Ternovszky Béla, Csákovics Lajos, Weigert Miklós; Móra, Bp., 2005
Zádori Zsolt: Mézgáékból joghurtreklám lett (magyar nyelven). HVG, 2006. március 2. [2016. március 4-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2015. május 23.) – a HVG interjúja Nepp József rajzfilmessel