A hondurasi labdarúgó-válogatott első hivatalos mérkőzését 1921. szeptember 14-én játszotta Guatemala ellen, melyen 9–0-ás vereséget szenvedtek. Az 1930-as közép-amerikai és karibi játékokon Jamaicát 5–4-re, Salvadort 4–1-re győzték le, Kuba (0–7, 0–5) és Costa Rica (0–8) ellen viszont kikaptak. 1935 és 1946 között egyetlen mérkőzést sem játszottak.
A Hondurasi labdarúgó-szövetséget 1935-ben alapították. 1946-tól a FIFA, 1961-től a CONCACAF tagjai lettek. A világbajnokság selejtezőiben először 1962-ben indultak. 1967-ben rendezőként szerepeltek a CONCACAF-bajnokságon, ahol bronzérmet szereztek.
Az 1970-es világbajnokság selejtezőiben Salvadorral játszottak a világbajnoki részvételért, aminek a végén Honduras az úgynevezett "futballháború" szenvedő alanya lett, amikor 1969-ben a második világbajnoki selejtező mérkőzést követően a salvadori hadsereg megszállta az országot. Honduras Jamaica és Costa Rica legyőzésével kezdte a selejtezőket, Salvador Guyanát és a Holland Antillákat búcsúztatta. A döntő párharcban Honduras nyerte az első mérkőzést 1–0-ra Tegucigalpában. A visszavágón Salvador győzött 3–0-ra és emiatt egy mindent eldöntő harmadik mérkőzést rendeztek semleges pályán a mexikóvárosi Azték Stadionban, amit Salvador nyert 3–2-re és jutott ki a világbajnokságra.
Honduras megnyerte az 1981-es CONCACAF-bajnokságot és kijutottak történetük első világbajnokságára. A Spanyolországban rendezett 1982-es tornán Spanyolország és Észak-Írország ellen 1–1-es döntetlent játszottak, és csak Jugoszláviától kaptak ki 1–0-ra. Az 1985-ös CONCACAF-bajnokságon a második helyen végeztek, mert az utolsó mérkőzésüket 2–1-re elveszítették Kanada ellen. A következő nagy eredményüket 1991-ben érték el, amikor a CONCACAF-aranykupán bejutottak a döntőbe, de ott tizenegyesekkel alulmaradtak az Egyesült Államokkal szemben. Az 1994-es világbajnokság selejtezőinek utolsó körét Mexikó, Kanada és Salvador mögött a negyedik helyen zárták. Az 1998-as világbajnokságCONCACAF-selejtezőinek harmadik fordulójában Mexikó és Jamaica mögött végeztek a csoportban és nem jutottak tovább.
2000-es évek
Hondurasi futballzászló
2001-ben Honduras beugróként vett részt a Kolumbiában rendezett Copa Américán, miután Argentína pár nappal a torna kezdése előtt visszalépett. Az első mérkőzésük előtt mindössze néhány órával érkeztek meg. ennek ellenére sikerült továbbjutniuk a csoportkörből és a negyeddöntőben Brazíliát is kiejtették 2–0-al. Az elődöntőben Kolumbiától kaptak ki 2–0-ra, de a bronzmérkőzésen tizenegyesekkel legyőzték Uruguayt. A 2002-es világbajnokság-selejtezőiben bejutottak a negyedik fordulóba, ahol sokáig jól álltak, de a Trinidad és Tobago elleni hazai 1–0-ás és a Mexikó ellen idegenben elszenvedett 3–0-ás vereség miatt lemaradtak a világbajnokságról. A 2003-as CONCACAF-aranykupát a Brazília elleni 2–1-es vereséggel kezdték és Mexikó ellen pedig 0–0ás döntetlent játszottak. A 2005-ös CONCACAF-aranykupán bejutottak az elődöntőbe, de ott 2–1-re kikaptak az Egyesült Államoktól. A 2006-os világbajnokság selejtezőinek harmadik fordulójában Costa Rica és Guatemala mögött a harmadik helyen végeztek és nem jutottak tovább a negyedik fordulóba. A 2007-es CONCACAF-aranykupán a negyeddöntőig jutottak, ahol Guadeloupe ellen estek ki. A 2009-es tornán bejutottak a legjobb négy közé és az Egyesült Államoktól kaptak ki 2–0-ra.
2009. október 11-én Carlos Pavón góljával 1–0-ra legyőzték Salvadort idegenben és kijutottak a 2010-es világbajnokságra. A H csoportban szerepeltek Chile, Spanyolország és Svájc társaságában. Chilétől 1–0-ra, Spanyolországtól 2–0-ra kaptak ki, Svájccal pedig 0–0-ás döntetlent játszottak.
2010-es évek
A 2011-es és a 2013-as CONCACAF-aranykupán a negyedik helyen végeztek. Kijutottak a 2014-es világbajnokságra, ahol Franciaország és Svájc ellen 3–0-ra, míg Ecuadortól 2–1-re kaptak ki. A hondurasiak egyetlen gólját Carlo Costly szerezte a tornán. A 2015-ös CONCACAF-aranykupán az Egyesült Államoktól 2–1-re, Haititól 1–0-ra kaptak ki és csak Panama ellen (1–1) szereztek pontot. 2017-ben a negyeddöntőig jutottak, ahol Mexikó ellen kaptak ki 1–0-ra. A 2018-as világbajnokság selejtezőinek ötödik körében a negyedik helyen végeztek, ami interkontinentális-pótselejtezőt ért. Ausztráliával mérkőztek a világbajnoki helyért és az első mérkőzésen 0–0-ás döntetlen született. A visszavágót Sydneyben elveszítették 3–1-re és lemaradtak a világbajnokságról. A 2019-es CONCACAF-aranykupán a Jamaica (2–3) és Curaçao (0–1) ellen elszenvedett vereségek után Salvador 4–0-ás legyőzése már nem volt elég a továbbjutáshoz.
A hondurasi labdarúgó-válogatott hagyományos szerelése fehér mez, fehér nadrág és fehér sportszár. A váltómez tradicionális kék-fehér csíkos mez, de gyakori a tiszta kék színű szerelés is.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
