Édesapja József nádor, azaz József Antal János osztrák főherceg (1776–1847) volt, aki 1796-tól haláláig a Magyar Királyságnádori méltóságát viselte. Édesanyja a nádor harmadik felesége, az evangélikus vallású Mária Dorottyawürttembergi hercegnő (1797–1855) volt. Öt gyermekük között Mária Henrietta volt a legfiatalabb:
Erzsébet Karolina főhercegnő (*/† 1820, egy hónapig élt).
Sándor Lipót Ferdinánd főherceg (1825–1837, 12 évesen meghalt).
Amíg apja, József nádor élt, Mária Henrietta hercegnő nővéreivel együtt Magyarországon, a budavári királyi palotában és a nádori birtokokon (Alcsúton) nevelkedett. Sokat sportolt, mindennél jobban szerette a lovaglást, a lovakat. Élénken érdeklődött a festőművészet és a zene iránt, maga is művelte ezeket a művészeteket. Különösen hárfázni szeretett. A hangszert mesterileg kezelte, a régi, bánatos magyar nótákat idősebb korában is kívülről játszotta. Petőfi Sándor, Berzsenyi Dániel, Virág Benedek és Ányos Pál verseit kívülről idézte, a prózaírók közül Kármán József műveiért rajongott.[1]Operát komponált „Wanda” címmel.
Klementina hercegnő (1872–1955), aki Bonaparte Napóleon Viktor Jeromos francia császári herceghez (1862–1926) ment feleségül.
Mária Henrietta házassága a kor uralkodó családjaiban szokásos dinasztikus érdekházasság volt, szerelem nélkül. A Habsburgok nehezen találtak saját magukhoz mérve is megfelelően magas rangú, római katolikus vallású uralkodócsaládot, akiknek országa a Birodalom aktuális politikai irányvonalába is beleillett. Mária Henrietta nem akart hozzámenni Lipóthoz, könnyes tiltakozásai ellenére családja erőteljes nyomás alá helyezte, végül beleegyezett az érdekházasságba, amely – ahogy vélni lehetett – első naptól fogva nagyon boldogtalan kapcsolat volt, mindenfajta közös érdeklődés, érzelmi kapcsolat nélkül.
I. Lipót király halála után, 1865. december 17-én férjét II. Lipót néven belga királlyá koronázták. A brabanti hercegnéből Mária Henrietta királyné (franciáulReine Marie-Henriette, hollandulKoningin Maria Hendrika) lett.
Férje trónra lépésekor három gyermekük volt. A koronázás után Mária Henrietta még hidegebb és elutasítóbbá vált férjével szemben. Gyermekeit kemény fegyelemben neveltette, talán mert a királyné úgy érezte, a szigorúan nevelt gyermekek majd könnyebben küzdik le az élet nehézségeit. Egyetlen érdeklődése és szenvedélye a lovaglás maradt, kiváló magyar lovakat tartott.
Amikor 1869-ben az egyetlen trónörökös, Lipót koronaherceg meghalt, Mária Henrietta teljesen összeomlott. 1872-ben mégis egyszer, utoljára teherbe esett, de a hőn óhajtott fiúörökös helyett ismét leánya született (Klementina hercegnő).
Idősebb leányainak sorsa tragikusan alakult. Stefánia hercegnőt 1881-ben feleségül adták a hozzá nem illő természetű Rudolf főherceghez (1858–1889), az Osztrák–Magyar Monarchia trónörököséhez, I. Ferenc József császár és Erzsébet császárné fiához. A trónörökös hamarosan elhidegült feleségétől, kicsapongó életet élt, szeretőket tartott, végül elcsábította a 17 éves Maria von Vetsera bárókisasszonyt, akit 1889. január 30-án a mayerlingi kastélyban nagy valószínűséggel meggyilkolt, majd maga is öngyilkos lett. Haláláért a császári család az özvegy Stefániát hibáztatta, aki 1900-ban új házasságba menekült, Lónyay Elemér magyar grófhoz (1863–1946) ment feleségül.
Legidősebb leánya, Lujza Mária hercegnő Ferdinánd Fülöp szász-koburg-gothai herceghez ment feleségül, de viszonyt kezdett egy ulánus tiszttel (Mattachich Gézával), emiatt botrány tört ki, a férfiak párbajt vívtak, és 1906-ban a házasság felbomlott. A hercegnő nem tudta kiegyenlíteni hatalmasra duzzadt adósságait, és váltóhamisításra vetemedett. Külföldre akart szökni, de elfogták, és a nyilvános botrány visszafogására nem börtönbe, hanem elmegyógyintézetbe zárták.
Utolsó évei
Mária Henrietta 1895-ben elhagyta a brüsszeli udvart, és visszavonult a belgiumi Spa fürdőhelyre. Udvari reprezentációs kötelezettségeit leánya, Klementina vette át, mint az udvar első hölgye. A spa-i kastélyba húzódott, kapcsolata leányaival megszakadt. A Habsburg-család tagjaival sem állt bensőséges viszonyban, ugyanakkor élete végéig levelezett nagybátyjának, János főhercegnek (1782–1859) feleségével, Anna meráni grófnővel (1804–1885), aki polgárleánynak született (Anna Plochl néven). A házaspár Tirolban élt, mert a rangon alul kötött házasság miatt János főhercegnek el kellett hagynia a bécsi udvart.
A magányosan élő királyné 1902. szeptember 19-én, 66 évesen halt meg, egy súlyos asztmás roham és szívgörcsök nyomán fellépő szívszélhűdésben. A laekeni Miasszonyunk Templomában (franciáulNotre Dame de Laeken, hollandulOnze-Lieve-Vrouwekwerk), a királyi kriptában temették el, amelyet apósa, I. Lipót, az első belga király építtetett a királyi család elhunyt tagjai számára.