Az Atlas–3-nak két fokozata van. Az első fokozat új fejlesztésű, a második a régebbi Centaur volt. A Centaurt az 1960-as évektől sok amerikai hordozórakétán alkalmazták, ma az Atlas V-ön és a Delta rakétákon. Az első fokozat hajtóművei az orosz fejlesztésű RD–180-asok voltak, amelyeket az Atlas V-ön is használnak. Ezeket az amerikai Pratt & Whitney gyártja. Az Atlas–3-nak két változata volt: az Atlas–3A alapváltozat és az Atlas–3B, amelynek két hajtóművel ellátott Centaur fokozata volt.