החזון אודות הקמת גן של צמחים המוזכרים במקורות, בתנ"ך ודברי חז"ל הועלה בשנת 1925 על ידי בני הזוג אפרים וחנה הראובני[1], שהקימו את אגודת גן הנביאים ורז"ל[2]. בשנת 1944 הקצתה הקרן הקיימת 234 דונם לנטיעת גן הנביאים ליד מעלה החמישה[3] ומשפחת הראובני פעלה לגייס כספים לצורך הקמת הגן[4].
בשנת תשמ"ד (1984) הוענק לנאות קדומים פרס יושב-ראש הכנסת לאיכות החיים. בשנת תשנ"ד (1994) קיבלו הראובני וצוות נאות קדומים את פרס ישראל על תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה. בשנת 2024 מציינים 60 שנה לייסוד המקום.
הקו המנחה של הפארק הוא להציג את הנוף, הצמחייה, הטבע והחקלאות של ארץ ישראל כפי שהיו בתקופת המשנה והתנ"ך, וכפי שבא לידי ביטוי בשם שניתן למקום עם הקמתו: "השמורה הלאומית של טבע הארץ במקורות ישראל".
נאות קדומים מאפשרת פעילויות רבות במסגרתה. בכל עונות השנה מתקיימים בפארק פעילויות לקהל הרחב, למגזר העסקי והחינוכי. הפארק מציע סיורים לבתי ספר, לקבוצות מאורגנות אחרות, למשפחות ולבודדים.
הפארק מפעיל את המרכז למנהיגות המקיים סדנאות חווייתיות בטבע לאור המקורות בנושאי מנהיגות ופיתוח צוות. מדי שנה מבקרים במרכז למנהיגות מאות קבוצות השייכות למגזר העסקי, הציבורי, החינוכי והצבאי.