מפלס מי התהום במקום גבוה, ולכן יש בו מעיינות. המים מליחים עם 770 מ"גכלור לליטר. בחורף מתווספים גם מי נגר עילי הנקווים לבריכות, והמקום הופך לבוצי. בעבר הייתה במקום ביצה, שיובשה בימי המנדט הבריטי באמצעות תעלות ניקוז וחורשת אקליפטוסים. מעבר לייבוש הביצה, פלשו לשמורה עצי שיטה כחלחלה (מין זר שיובא בעבר לצורך עצירה של נדידת דיונות).
בשנים האחרונות עברה השמורה תהליכי שיקום משמעותיים הכוללים שחזור של משטר המים ושיקום צמחי של מיני ביצה, בהם גם מינים בסכנת הכחדה. ב-13 בינואר 2023 נפתחה השמורה המשוקמת. הוקמו בה שבילי מתכת צפים מעל מי הבריכה ומגדל תצפית חדיש ממתכת.
מצפון לשמורה נמצא תל מָלוֹט שנהוג לזהותו עם העיר הפלשתיתגבתון, שעל שמה קרויים המעיינות.
מצפור רפנאל ברוך מוסקל
בראש תל מלוט תצפית פנורמית שממנה רואים גם את מזכרת בתיה, המושבה שבה נולד וגדל רפנאל. המצפור הוקם לזכר רפנאל מוסקל שהיה לוחם סיירת אגוז, שנפל במלחמת לבנון השנייה. יחד עם רפנאל נפלו עוד 4 לוחמי הסיירת: לירן סעדיה, בנימין הילמן, יונתן ולסיוק ונדב באלוה. רפנאל נהג לטייל עם חבריו בתל מלוט וגם בשמורת הטבע עיינות גבתון שלמרגלותיו.