בשנת תש"ט (1949) מונה בברכתו של החזון איש לראש ישיבת באר יעקב, שהוקמה מעט קודם לכן בהמלצת החזון איש בידי הרב שלמה וולבה, המנהל הרוחני, והרב אפרים בורודיאנסקי, ראש הישיבה, שפרש לאחר זמן קצר, ועמד בראשות הישיבה עד יום פטירתו. את שיעוריו הוציא לאור בספריו קונטרס הביאורים (שיעורים כלליים) ושערי שמועות (שיעורים על הדף). עסק גם בההדרת ספרי הראשונים והוציא לאור את "תוספי הרא"ש" ואת חידושי הר"י מיגאש.
בתיאור תולדותיו מסופר שכבר בשנת תשכ"ו ביקשו הרב יחזקאל סרנא שיצטרף למועצת גדולי התורה, והוא סירב. מאוחר יותר, כשהגיע הרב סרנא לביתו לבקש זאת, הוא התרצה[1]. לאחר הקמת דגל התורה, בשנת תשמ"ט (1988), נקרא על ידי הרב שך לכהן כחבר במועצת גדולי התורה של המפלגה.
לאחר הופעת הספר "ניחוחה של תורה" שנדפס עוד בחייו, יצאו לאור לאחר פטירתו מספר ספרי זיכרון הכוללים את תולדות חייו, אסופת מאמרים מתלמידיו ושיעוריו, ובהם: "ובא השמש", "לשמש שם אהל", "ישורון" ו"ארזים עלי מים".
בחודש אלול תש"ע הוקמה לזכרו ישיבת שערי שמועות ביישוב בית חלקיה (על שם ספרו "שערי שמועות"). בראשות הישיבה כיהנו בנו הרב נפתלי צבי יהודה שפירא עד פטירתו, ונכדו הרב אריה (בן הרב דוד יצחק) שפירא.
בחודש אייר תשפ"ג הוקמה לזכרו "ישיבת רבינו משה שמואל" בשכונת רמות 06 בירושלים בראשות הישיבה עומד בנו הרב אהרון שפירא.
דרך לימודו
תלמידיו של הרב שפירא רואים את דרכו כמקבילה לזרמי הלימוד הבולטים האחרים בעולם הישיבות במחצית השנייה של המאה ה-20, דהיינו שיטותיהם של הרב נחום פרצוביץ, שהיה ראש ישיבת מיר, והרב שמואל רוזובסקי, שהיה ראש ישיבת פוניבז'.
דרכו של הרב שפירא מבוססת בעיקר על דרכו של רבו המובהק ובן דודו, הרב יצחק זאב הלוי סולובייצ'יק. הרב יצחק זאב שכלל את "השיטה הבריסקאית" שייסד אביו, הרב חיים סולובייצ'יק ומקובלת ברוב הישיבות הליטאיות. לפי שיטה זו תפקיד הלומד הוא רק להגדיר "מה כתוב", מה הגדרת העניין ותחומיו, ולא להתעסק בנימוקים ובטעמים.
אמנם בעוד הרב יצחק זאב עסק בעיקר בסוגיות השייכות לסדר קדשים, העוסק בענייני קרבנות ובית המקדש, מושגים שמעצם טבעם רחוקים מן ההבנה השכלית, הרי שהרב שפירא עסק בעיקר במסכתות שבהן עוסק בית המדרש הישיבתי הקלאסי, שהן בעיקר בסדרי "נשים" ו"נזיקין".
השקפה
הרב שפירא דרש שלא להתדיין בבג"ץ על גיוס בני הישיבות, מתוך חשש שהשופטים "מבקשים לעקור הכל"[3].
בסוף שנת 2000, ערב ההצבעה במליאת הכנסת על חוק הוראת שעה, שיאפשר את המשך הסדר דחיית גיוס בני הישיבות, נשא דברים במעמד הכנסת ספר תורה שהתקיים בישיבת באר יעקב:
”חיינו מאות שנים בגלות עם גזירות, אבל כשמנסים לפגוע בתוכנו פנימה, בלימוד התורה, על זה אנחנו יוצאים למלחמה. המלחמה לא בכוח, אלא בכך שנחפש לנו מקום, מדינה אחרת שלא רודפים אותנו ונותנים לנו ללמוד בשקט. השליטים החופשיים צריכים לדעת שאנו סובלים מגזירותיהם שנים רבות, כמו בגלות, אך ברגע בו ינסו לפגוע בבתי המדרש נקום ונרד מארץ הקודש. לכל אורך שנות גלותנו, שמר הקב"ה שנוכל לעסוק בתורה. ואם אויבינו ניסו למנוע מאיתנו עיסוק התורה, מיד המציא לנו הקב"ה מקום אחר, בו ניתן היה לשבת ולעסוק בתורה. ואם בארץ הקודש נגיע למצב שינסו בפועל למנוע אותנו מהעסק התמידי בתורה, נגלה למקום אחר על פגיעה בלימוד התורה נקום ונרד מארץ הקודש[4] ”
על רקע זה נתגלעו חילוקי דעות בינו לבין הרב אהרן יהודה לייב שטינמן סביב נושא אימוץ מסקנות ועדת טל, שהתנו את חוקיות המשך הסדר תורתו אומנותו בהוכחת התרחבות אחוזי הגיוס לשירות במשמר האזרחי[5]. קודם לכן שלח לו מכתב[6] בו ביקש ממנו שלא להיכנע לדרישות הבג"ץ ולסרב לכל הצעת פשרה, ובין השאר כתב: "ומהנסיון הוא שהדרך היחידה פה בארה"ק הוא לעמוד בתוקף מוחלט על כך כי אין לגעת בישיבות הק' ובהיכלי התורה, ורק על ידי עמידה תקיפה ישמר המצב הקיים"[7]. ביולי 2002, ערב ההצבעה בכנסת על חוק טל ובעקבות חילוקי הדעות הללו, פרש מחברותו במועצת גדולי התורה של תנועת דגל התורה. במכתב ההתפטרות ששלח למזכיר מועצת גדולי התורה כתב: ”מאחר והנעשה בזמן האחרון על ידי נציגי תנועת דגל התורה בעניין החוק הנוגע לדחיית גיוס בני ישיבות ובניגוד לדעת רוב ראשי הישיבות שליט"א וזצוק"ל, ובראותי כי על ידי השתתפותי במועצת גדולי התורה אין באפשרותי להשפיע בעניין זה שנשמת עם ישראל תלוי בו, ולפתח חטאת רובץ, ואיני יכול לקחת אחריות על הנעשה בזה על ידי הנציגים... על כן הנני להודיע כי הריני מסלק ידי מכל אחריות ושייכות מתנועת דגל התורה.”
הרב שפירא נהג לשיר עם תלמידיו באירועים מיוחדים. שיריו היו ממסורת משפחתו מוולוז'ין, מישיבות ליטא, מהרב ברוך בר ליבוביץ ולחנים אישיים. הרב שפירא ניחן בחוש מוזיקלי, והוא נהג לספר שכשהיה אצל הרב מבריסק, כיבדו הרב לשיר והוא אמר שאינו יודע לשיר. לאחר מכן שמעו הרב מבריסק שמפזם דרך לימודו ואמר לו בסרקזם שבאמת אינו יודע לשיר[8].
הרב בן ציון בורודיאנסקי • הרב רפאל צבי וולפין • הרב אליעזר יחיאל קונשטט • הרב אברהם מאיר שטיינפלד • הרב יצחק דב שכטר • הרב מיכאל וינקלר • הרב יעקב שטיינהוז • הרב יצחק ירוחם בורודיאנסקי
רבני הישיבה הקטנה
בעבר
הרב ישראל בונדהיים • הרב יחזקאל קורן • הרב יעקב רבינוביץ תאומים • הרב משה מרצבך • הרב ברוך שפירא
בהווה
הרב אביעזר שפירא • הרב מאיר קוט • הרב בן ציון שפירא • הרב משה לנג
