המנזר נוסד ב-1132 לאחר מחלוקת חריפה שהתרחשה במנזר סנט מרי ביורק. בעקבות המהומה הוגלו 13 נזירים, ולאחר שהם ניסו לשוב ללא הצלחה לחיות לפי תקנון בנדיקטוס מהמאה ה-6, הארכיבישוףתורסטן מיורק לקח אותם תחת חסותו. הוא סיפק להם מקום לצרכיהם השונים בעמק הנהר סקל. בעמק הסגור היו את כל המרכיבים הדרושים להקמת המנזר, והוא היה עבורם מקלט מפני מזג האוויר, ומקור לאבן ועץ עבור המבנה, ואספקה שוטפת של מים[1]. הנזירים הצטרפו למסדר הציסטרסיאני ב-1132.
המנזר הוכר כמנזר משנה של מנזר קלרבו ב-1133. ברנרד מקלרבו שלח את ג'פרי ד'אינאי, שהיה אחד מתלמידיו, לפקח על בניית המבנים הראשונים. המנזר נהנה מתרומות נדיבות החל מתחילת העבודות. בשנת 1135 עבר להתגורר במנזר הדיקן של הכנס של יורק לענייני דת, ביחד עם שניים מעוזריו, ספרייתו הגדולה ועושרו הרב. עושרו של המנזר ואדמותיו המשיכו לגדול במאה ה-13.
תקופה השגשוג של המנזר, שנמשכה 400 שנים, משתקפת בהריסות המבנים המהוות את המתחם המנזרי הגדולה ביותר בממלכה המאוחדת. בניית המנזר נמשכה עד המאה ה-16. המגדל של המנזר נבנה בחלקו הצפוני של הטרנספט זמן קצר לפני שהמלךהנרי השמיני הורה על פירוק המנזרים ב-1539. הכתר הבריטי מכר את המבנים של המנזר והקרקעות שמסביבם נמכרו ב-1 באוקטובר1540 לסר ריצ'רד גרשאם[2], שהיה סוחרלונדוני. בזמן המכירה המנזר נחשב לעשיר ביותר בממלכה.
תיאור
בנייתו של המנזר החלה ב-1132 כאשר האבנים נחצבו מהסביבה המקומית, אם כי בתקופות מאוחרות יותר הוספו למנזר מספר תוספות ושינויים, ובכך סגנון הבנייה שלו היה שונה מהקו הנוקשה של הסגנון הציסטרסיאני. המנזר שוכן במרחק קצר בכיוון צפון מהנהר סקל. הקלויסטר נמצא בדרום, כאשר הצ'פטר האוס והפיסליס (חדר משותף לנזירים) פונים אל השביל המזרחי, וחדר האוכל (ביחד עם המטבח והמזווה) נמצא בזווית ישרה ביחס לשביל הדרומי.
במקביל לשביל המערבי נמצא תת-מבנה מקומרן שבו יש קלויסטרים רבים המשמשים כתאים עבור הנזירים וכתאי אחסון, ומהווים תמיכה למגורי העובדים שמעליו. הבניין הזה משתרע לאורך הנהר. מגורי הנזירים היו מעל הצ'פטר האוס, בחלק הדרומי של הטרנספט.
האופי החריג של סידור המנזר ניכר במטבח הנמצא בין הפיסליס וחדר האוכל, ובמיקומה של המרפאה מעל הנהר במערב, בסמוך לבתי האורחים. בנוסף, במנזר יש בית מקהלה גדול שהוקם על ידי אב המנזר ג'ון מיורק בין 1203 ל-1211, והורחב על ידי יורשו עד לטרנספט המזרחי, ולאחר מכן עד המגדל שנבנה באופן חריג בקצה הצפוני של הטרנספט הצפוני.
בין שאר החלקים של המנזר ניתן למנות את קפלת הנאומים שמידותיה היו 46.5 על 23 רגל, ואת המטבח שמידותיו היו 50 על 38 רגל. ארגונו ואופיו של הבניין מעידים על עושר ועוצמה פאודלית רבים.
מנזר פאונטיינז מתוחזק על ידי קרן המורשת האנגלית, והוא שייך לקרן הלאומית. הוא נמצא בסמוך לגן המים המלכותי סטאדלי, שהוא אתר נוסף השייך לקרן הלאומית. הקרן מחזיקה בבעלותה גם את פאונטיינז הול, שהגישה הציבורית אליו מותרת באופן חלקי.