במהלך השנים 1939–1940 עסק בהדרכת נוער בירושלים וארגן גרעין נוער להתיישבות חלוצית. גרעין זה, יחד עם גרעין נוסף שארגן אחיו, יפתח, במקווה ישראל, הקימו את הקיבוץ גבעות זייד בו הכיר את אשתו, צביה.
מתקופה זו קיימת הגדה של פסח בנוסח לא מסורתי שנכתבה לבני הקיבוץ בשנת 1950 יצאה בהדפסה ליתוגרפית של כתב-יד אומנותי עם איורים מאת יוחנן זייד בהתאם למאורעות התקופה.
ביולי 1943 התגייס כנהג משאית ליחידת תובלה 462 בחזית איטליה, כאשר הפלוגה, שאיבדה אנשים רבים בטביעת הארינפורה, התארגנה מחדש. זייד היה אחד הבולטים באנשי יחידת הצללים אשר אנשיה נטלו חלק באיתור פליטים יהודים והגשת עזרה ראשונית להם. הקימה להם נקודת הכשרה צבאית לפליטים היהודים ליד מילאנו והייתה אחראית לתחזוקתה ולהדרכתה. כמו כן ארגנו את עלייתם הבלתי לגאלית לארץ והיה בצוות שהכין את אניית המעפילים "דב הוז". במסגרת זו אף נכלא באיטליה ושוחרר על ידי אנשי יחידתו במבצע חשאי[1].
ב-1946 חזר לקיבוץ גבעות זייד, ובפרוץ מלחמת העצמאות הצטרף לפלמ"ח. השתתף בקרבות בעמק יזרעאל והגליל ואחר כך הצטרף לחטיבת הנגב במבצע חורב[2], פיקד על מחלקת ג'יפים בגדוד ה-9 של החטיבה. בשנת 1967 כתוצאה מהצורך להקים מנגנון ממשל וביטחון ביהודה ושומרון, התנדב לשב"כ ועסק בפעילויות ביטחוניות בשומרון עד אמצע שנות ה-70.
לאחר יציאתו לגמלאות, חזר לביתו בגבעות זייד ועסק בגידול צאן.