בשנת תשנ"ח (1998) החליט הרב שרלו להקים ישיבת הסדר, תוך מתן דגש על מיקומה – באזור המרכז דווקא. אחת הסיבות לכך הייתה:
ההערכה כי קו החזית של מדינת ישראל נודד מיש"ע ומהגולן אל מרכז הארץ, קשה להפריז בתיאור הישיבות כמנוף חשוב ביותר להתיישבות בכל שטחי ארץ ישראל. השינוי ההיסטורי שהובילה הציונות הדתית ביחס לארץ ישראל כולה הוזן לא מעט על ידי הישיבות. התפתחותן של הישיבות באזורי הפיתוח מלמדת על הפניית מאמץ לכיוונים נוספים. הישיבות מזינות מהלך של מעורבות חברתית, וגורמות לריבוי המצטרפים לעיירות הפיתוח. כיוונים אלו מלמדים כי הישיבות הן מקור אנרגיה שבכוחו להשפיע על המתרחש בארץ ישראל. יש להעריך מחדש היכן מצויים הנושאים הבוערים של החברה הישראלית, ולמקם שם את הישיבות.
בשנת 2001 החל הרב שרלו, בעקבות פניית אנשי הפורטל הדתי "מורשת", להשיב על שאלות הגולשים בנושאי הלכה והשקפה. עד מהרה הפך לאחד הרבנים הנשאלים ביותר באינטרנט, ובאתרים "מורשת" ו"כיפה" מוצגות למעלה מ-80,000 תשובות שלו. בין השאר עסק הרב שרלו בתשובותיו בנושאים רגישים כגון יציאה בשאלה, מיניות, הומוסקסואליות אצל דתיים ואלימות במשפחה, לצד נושאים ציבוריים כגון סירוב פקודה, דמותה האידיאלית של מדינה דתית מתוקנת, וחזונה של הציונות הדתית. התשובות קצרות ובדרך כלל אינן מופיעות עם מקורות הלכתיים, מה שגרר ביקורות ואף החל להעסיק את עולם המחקר[3]. בשנת 2002 הוציא בהוצאת ישיבת פתח תקווה ספר ראשון המכנס מבחר תשובות שענה באינטרנט: רשו"ת הרבים. בהמשך יצאו לאור הספרים: רשו"ת היחיד (2003), רשו"ת הציבור (2005) ורשו"ת להחמיר (2007).
הרב יובל שרלו עם פרופ' אסא כשר. ינואר 2019הרב יובל שרלו נואם בעצרת לציון 100 יום לחטופים בעזה
תורת ארץ ישראל
המושג של "תורת ארץ ישראל" תופס מקום מרכזי בהגותו של הרב שרלו, אשר בעקבות דבריו של הראי"ה קוק בנושא פיתח את זאת ככינוי לסוג של התחדשות הלכתית. לדבריו, בארץ ישראל אין לפסוק הלכה רק בעזרת כלים פנים הלכתיים, והבירור ההלכתי יעשה גם על פי 'רוח החוק', שיתברר בלימוד האגדה והנסתר, ויושפע ממוסר הנביאים. הרב שרלו קורא לשאוף לקראת מערכת הלכתית שאיננה נוקשה כמו המערכת הגלותית, אלא היא דינמית ומותאמת אישית, ומנוסחת כהנחיות בעלות אופן כללי ולא ככללים חתוכים[5]. המושג "תורת ארץ ישראל" הוסבר על ידי הרב שרלו באופן נרחב בספרו תורת ארץ ישראל.
יישוב ארץ ישראל
עמדת הרב שרלו היא שמצוות ישוב ארץ ישראל אינה דוחה פיקוח נפש בכל מחיר, אולם הוא סבור שנקודת המוצא בכל דיון לגבי גבולותיה של ישראל צריכה להיות המחויבות לארץ ישראל. משום כך, הוא התנגד לתוכנית ההתנתקות שלא הכילה לדעתו עיקרון זה, ובנוסף נעשתה כנגד רצון העם וללא דאגה למתיישבים. עם זאת, הוא שלל כל סוג של התנגדות אלימה לתוכנית וכן סרבנות של חיילי צה"ל, וקרא לתלמידיו להשתתף רק בהפגנות ובפעילות הסברה, מתוך הבנה שהמטרה אינה ארץ ישראל לבדה, אלא "הברית המשולשת של עם ישראל, ארץ ישראל והתורה"[6]. עם זאת, בכינוס באפרת בפברואר 2010 אמר כי "אם מדינת ישראל תעשה חס וחלילה פעולת נסיגה, ופעולת הנסיגה תיעשה באותה דרך של הפקרת היישובים, אני רואה בזה עילה חד משמעית לסירוב"[7]. כחלק מעיסוקו בנושא, פרסם ספר בשם שו"ת ההתנתקות[8].
הרב שרלו גינה פעמים רבות את פעולות "תג מחיר" המכוונת כנגד ערבים חפים מפשע. לדבריו, פעילות כזאת "פוגעת בכל מה שחשוב לנו, במוסר, בהלכה, באמונה ומדינת ישראל, אין לו שום תועלת ושום הצדקה. הוא לא משיג אף הישג"[9].
לשיטת הרב שרלו החברה הרצויה לכתחילה היא "חברה צנועה מעורבת". הוא מנושאי הדגל המרכזיים בציבור הדתי לאומי של קיום חברה מעורבת. הוא סבור כי העיסוק המופרז בנושאי צניעות גורם לדחיקת נושאים חשובים אחרים כמו שמירת מצוות, גמילות חסדים, צדק חברתי, הקפדה בענייני לשון הרע ועוד, ובאופן פרדוקסלי מביא פעמים רבות דווקא למצב של חוסר צניעות בשל העיסוק האובססיבי בנושא זה. שיטתו מוצגת בחוברת הנקראת חברה שלמה אשר חוברה יחד עם תלמידו רן חורי[12].
הרב שרלו היה ממייסדי פרום תקנה אשר מטרתו לטפל במקרים של הטרדות מיניות אשר לא יגעו למשטרה בכל אופן.[17]
בשנת התשפ"ג, הביע בתחילה תמיכה במתלוננת הראשונה נגד הרב צבי ישראל טאו, וטען שצריך לברר את התלונה במשטרה. אך בעקבות טענתה של המתלוננת הראשונה, כי הרב טאו הוא ממשפחה גרמנית נאצית הקרובה בקשרי משפחה ליוזף מנגלה, וכי הרב טאו מתחזה ליהודי, אמר, על פי דיווח כלי תקשורת, שצריך לחשב את דרכינו מחדש ביחס לתלונה[18].
לימוד תנ"ך
בשנת 2000 פרסם הרב שרלו מאמר בקובץ כתנות אור בשם "אשר בנו שתיהן את בית ישראל", העוסק ביחסים שבין לאה, רחל ויעקב[19]. במאמר הציע הרב שרלו מספר פרשנויות לסיפור גנבת רחל את התרפים של אביה, לבן, ואחת מהן שייתכן שרחל "הייתה נגועה בעבודת אלילים". הדברים הביאו להתכתבות ענפה ולפולמוס ציבורי הקרוי "תנ"ך בגובה העיניים", במסגרתו הרב משה בלייכר אף קרא להחרים את הרב שרלו. פולמוס זה עסק ביחס הראוי לדמויות תנ"כיות ובמידת הלגיטימציה לביקורת עליהן[20].
התחסנות ואתיקה רפואית
במהלך מגפת הקורונה עודד הרב שרלו התחסנות. בהמשך הצטרף לקריאה לתת העדפה מסוימת לחולים מחוסנים על כאלה שאינם מחוסנים. ”כשמגיעים לקצה האחרון שיש בו מצב שחיי האחד הם על חשבון חיי השני, כאן צריכה להיות עדיפות למי שעשו את כל הנדרש מהם על פני מי שהחליטו אחרת וצריכים לשלם על הדבר הזה”. לדבריו, הבחירה החופשית שלא להתחסן אכן נתונה לכל יחיד, אך יש השלכות להחלטה[21].
ספריו
חלק מספרי הרב שרלו נגישים לקריאה באינטרנט.
וארשתיך לי לעולם – דמותו הדתית של האדם מישראל בעת התחייה, חספין: ספרי הגולן, תשנ"ו[22]
לשם שמיים: האתיקה של המחלוקת – חיבור בדבר האתיקה של הדיון הציבורי, ירושלים: מגיד, 2018
כי ישרים דרכי ה': אתיקה יהודית - הנוכחות והמחויבות ליסודות המוסריים ואיך להתמודד עם מצוות שנדמים כסותרים את הנאמנות למוסריות, ראשון לציון: ידיעות ספרים, 2024
