אף שמדין תורה חיוב הטבילה הוא רק לצורך מעשים המחייבים את העושה אותם להיות טהור, כדוגמת אכילת קדשים, עלייה למקדש וקיום יחסי אישות לנידה, תיקן עזרא שגם לצורך תלמוד תורה ותפילה יש צורך להקדים טבילה.
לדעת רוב הפוסקים, תקנת עזרא בטלה, ולכן אין חיוב לטבול מטומאת קרי לפני תפילה או לימוד תורה.
אפשרות נוספת למי שמתקשה לטבול במקווה היא לשפוך על עצמו מים בכמות של תשעה קבין[2], דבר שאמנם אינו מטהר אותו, אבל מתיר לו ללמוד או להתפלל[3].
שני טעמים עיקרים נאמרו בתקנה:
מאחר שטומאה זו באה מקלות ראש, נאסר האדם בתלמוד תורה ותפילה שמחייבים כובד ראש[4].
שלא כדי שלא יהיו בני אדם מצוין תדיר אצל נשותיהם לצורך תשמיש המיטה[5].
הראי"ה קוק הסביר שמגמת התקנה הייתה בשביל לחבר את העם לדיני הטהרה הנצרכים כאשר המקדש עומד על תילו, וכעת, כאשר האומה חוזרת לארצה, ענייני הטהרה הגופנית צריכים להיות יותר דומיננטיים, עם תחיית התרבות הישראלית:
לכתחלה בימי עזרא היתה המגמה לקשר את ישראל אל הקודש המקדש, גם בצד התחתיתי שהוא אחד מדרכי החנוך הכלליים של האומה, והובלטה הטהרה... ביחוד ראוי הוא להתגדל ביחד עם תחיית האומה בארץ ישראל בחבור ההגדלה של השקוע ברוחניות, מצמאון בריא ומועה קבועה ומסויימת להבראות את כל האומה ואת שורש נשמתה בכל תכונת החיים שלה, שהטהרה הבשרית היא אחת מגבורותיה
— (אורות התחיה לה)
ביטול התקנה
דעת רוב הפוסקים כי תקנת עזרא זו התבטלה זמן מה לאחר חורבן בית המקדש, משום שהציבור לא עמד בה[6].
אמנם הרבה מהראשונים סוברים שאף שבטלה טבילת עזרא לתורה, מכל מקום לתפילה לא בטלה, ואסור להתפלל עד שיטבול[9].
הרמב"ם באחת מתשובותיו מעיד על עצמו שהוא מעולם לא ביטל לעצמו את הרחיצה מטומאת קרי:
וזה העני שאמר עלי שאיני רוחץ מקרי, שקר הוא! מעידין עלי שמים וארץ שמעולם לא עשיתי זאת אלא מחולי.
— מהדו' ר"י שילת עמ' תלז-תלח
בספר שו"ת מן השמים כתב ששאל האם הלכה כדעת האומרים שבטלה טבילת עזרא, או כדעת החולקים, וזה אשר ענו לו מן השמים:
ועבדתם את ה' אלהיכם הוי אומר זר תפלך ואפשר טמא ומקריב קרבן. ואם תאמר שאר טומאות, אינו דומה טומאה מאונס לטומאה מדעת, אינו דומה טומאה הבאה ממקום אחר לטומאה היוצאה מגופו. ועזרא כשתיקן ברוח הקודש ראה ותיקן. ועל הירושלמי דע אלו היה עמהם בבית המדרש לא מצאו ידיהם, ועוד הרי חזר בו ואמר קודם תקנת עזרא נשנית משנה זאת, ודבר זה גורם אורך הגלות, כי אם היתה תפלת ישראל כתקונה כבר נתקבלה תפלתם זה ימים רבים, אך סבלות הגלות ותלמוד תורה ומעשים טובים הם העומדים לישראל. ואחר זה השיבו: שמענו מאחורי הפרגוד לטהר כל ישראל יחד אי אפשר, אך אם יטהרו שליחי צבור בכל מקום ימהרו ביאת הגואל. ובכל מקום מוגש לשמי ומנחה טהורה אבוא אליך וברכתיך
אף שמעיקר הדין בטלה טבילת עזרא, בכל זאת, יש הנוהגים, בעיקר בחוגי החסידות, אף בימינו לקיים תקנה זו, לטבול כל יום קודם תפילת שחרית.
לעניין טבילת עזרא בשבת נחלקו הפוסקים, יש מהן שהתירו ויש שאסרו - והיו שכתבו שהרגיל בכך בכל יום, כיוון שיש בזה משום הפרת נדר - יטבול. וכן נחלקו בפוסקים לעניין טבילה בתשעת הימים, ואמנם רובם של החסידים נוהגים לטבול.
ובזמנים הקודמים שהיה דְבַר ה' יָקָר בַּיָּמִים הָהֵם ולא היו יודעים מיראת הרוממות כלל, זאת היה מחמת שהיו לומדים תורה ולא נזהרו בטבילה זו. והכת שבתי צבי ימח שמם שהיו אז בימים ההם, ומזה נעשו אפיקורסים - שלמדו ספרי קבלה בטומאת הגוף. והיה העולם שָׁמֵם עד שבאו שני המאורות הגדולים לעולם, הבעל שם טוב הקדוש, ואדמו"ר הרב רבינו אלימלך נשמתם בגנזי מרומים, והם פָּתְחוּ שַׁעַר לַה' צַדִּיקִים יָבוֹאוּ בּוֹ, שלא יהרהר אדם שום הרהור תורה עד שיטבול עצמו לקריו, שחכמי הגמרא לא בטלוהו אלא מפני שאין רוב הציבור יכולין לעמוד בה, אבל אותן האנשים הרוצים להשיג גופי התורה ומצות - צריכין להיות נזהר מאוד בטבילה זו. ועוד זאת אנו למידין מסמיכת הכתובים והודעתם לבניך ולבני בניך וסמיך ליה יום אשר עמדת וגו', שזאת גם כן בלתי אפשר - ללמוד לתלמידים ולהכניס בלבם יראת ה', אם אינו נזהר בטבילה זו.
